從11月29日到12月7日，在保盧斯主持下，陸軍總司令部對“奧托”方案進行了圖上作業。其後在12月13—14日召開了陸軍總部研討會，從而在陸軍內部形成了對侵蘇計劃的共識。此前的1940年12月5日，布勞希奇和哈爾德將“奧托”方案呈交給希特勒。總的來說，希特勒對該方案比較滿意，但他同時也認為“莫斯科不是那麼重要”。

希特勒相信，出於戰爭經濟方面的考慮，俄國軍隊不會放棄北部的波羅的海和南部的烏克蘭。因此，中央方向的德國裝甲部隊在推進到奧爾沙—斯摩稜斯克大陸橋之後，就應停止向莫斯科的推進，轉而分別向北部和南部發動進攻。換句話說，希特勒決心在佔領莫斯科之前消滅基輔、列寧格勒蘇軍。這固然與希特勒強調經濟因素有關，但顯然也受到保盧斯和洛斯貝格計劃對蘇軍從南北發動反擊的憂慮的影響。精通曆史的希特勒不想讓德國軍隊重蹈拿破崙孤軍深入莫斯科的覆轍。

按照希特勒的這一戰略構想，12月6日，約德爾委託部下瓦利蒙特在原有方案基礎上擬定對蘇作戰訓令。16—17日，訓令草案在希特勒本人要求下做了最後修改。1940年12月18日晚，希特勒將其作為國防軍統帥部第二十一號訓令（1940年第33408號絕密檔案）予以簽署，並親自命名為“巴巴羅薩”（紅鬍子）計劃——這個名字取自十二世紀的神聖羅馬帝國皇帝腓特烈一世。此人死於第三次十字軍東征。不過希特勒用他的名字，據說最重視的倒不全是“聖戰”色彩，而是“紅鬍子”的“紅”字，也就是要打倒布林什維克的意思。

按照當時被稱為“預防措施”的“巴巴羅薩”計劃的規定，德國武裝部隊應在對英戰局結束前，以一次快速戰役擊敗蘇聯。為此將投入陸軍“一切可供使用的部隊”和空軍的“強大兵力”。而在西線以及其他佔領區，只留低限度的兵力以防備突然襲擊。

戰爭分為三個階段。第一階段，也是實質上的決戰階段。德軍裝甲部隊應在航空兵的配合下，在普里皮亞季兩側大膽揳入蘇軍縱深，將其圍殲在國境地帶，並阻止殘部退過第涅伯河和西德維納河，佔領波羅的海地區和列寧格勒。

經過這一決戰階段後，德軍在第二階段的任務要輕鬆得多，主要是繼續追擊蘇軍殘部，並打垮其戰略預備隊（按德國估計，蘇聯人應該組織不出來多少預備隊），同時佔領莫斯科和頓巴斯。後者作為重要的經濟地區，受到希特勒的特別重視。

第三階段，德軍將幾乎不受抵抗地開到阿爾汗格爾斯克、伏爾加河、阿斯特拉罕一線，德國的轟炸機將從那裡起飛，對蘇聯在烏拉爾的工業基地進行轟炸。

德軍的行動分三個戰略方向，每個方向配置一個集團軍群，而主力集中在北方、中央集團軍群：北方集團軍群進攻波羅的海和列寧格勒；南方集團軍群攻擊烏克蘭；而中央集團軍群則進攻白俄羅斯，以“特別強大”的裝甲部隊，利用比亞韋斯托克突出部的有利地形殲滅那裡的龐大蘇軍部隊。然後根據希特勒的意圖，中路德軍在奪取白俄羅斯後，應分兵北上協助北方集團軍群消滅波羅的海和列寧格勒的蘇軍。對此持不同意見的陸軍在後來的補充命令中則規定，一旦北方德軍順利完成任務，中央集團軍群就不必再向那裡派出部隊，而直接佔領莫斯科。

另外，計劃還規定在北極地區發動一個輔助攻勢，切斷通向蘇聯港口摩爾曼斯克的鐵路線，同時確保重要的鎳產地佩特薩莫的安全。芬蘭軍隊應該配合德軍的上述行動，但計劃也提到芬軍主力南下攻擊拉多加湖（列寧格勒方向）的可能性。另外，德國在戰場南段將得到羅馬尼亞的幫助。至於匈牙利，此時還未做出令其參戰的決定。

德國空軍必須在戰爭一開始就擊潰蘇聯空軍。在決戰階段，不要求德國空軍攻擊蘇聯工業目標，而應全力執行戰術支援陸軍的任務。

德國海軍只承擔輔助任務，而且要避免和俄國海軍發生大規模海戰。德軍將主要用奪取基地的方法來癱瘓蘇聯波羅的海艦隊。但希特勒要求儘快完成這一任務。為此還要求芬蘭必須奪取漢科的蘇軍基地。

進攻準備務必於1941年5月15日之前完成。

希特勒的二十一號訓令只是個泛論式命令。此後，德軍又釋出了一系列具體作戰計劃和命令。特別是在1941年1月31日，德國陸軍總司令部下達了《“巴巴羅薩”作戰預令》，規定了各集團軍群的具體任務以及作戰分界線等等。如前所述，這套命令給提前進軍莫斯科留了“尾巴”，但也順著希特勒的意思規定中央集團軍群轉而北上的具體地點在斯摩稜斯克。2月3日，哈爾德對計劃進行了詳細說明。