蘇聯解體使得空軍戰略航空兵遭到重創，超過一半的機場和飛機留在俄羅斯境外。因此1994年遠端航空兵第30和第46集團軍的指揮機關被解散，留在俄羅斯的兵團和部隊直接隸屬於遠端航空兵司令部。1998年4月遠端航空兵重新被改組為最高統帥部最高統帥部戰略空軍第37集團軍。其作戰編成經過最佳化，4個師被合併為2個師，編成8個遠端轟炸航空兵團、1個空中加油機團、1個獨立偵察航空兵大隊等。

重組後的俄羅斯戰略航空兵集中在恩格斯和烏克蘭卡。1991-1994年間，俄羅斯對恩格斯空軍基地進行了改造，並組建了1個戰略轟炸機團（裝備6架圖-160和幾十架圖-95MC）和1個伊爾-78加油機團。烏克蘭卡駐紮2個圖-95MC團。此時，共擁有60多架圖-95MC。

遠端航空兵除了戰略轟炸機外還擁有130架圖-22M3，裝備6個團，分別駐紮在索利奇、沙伊伊科夫、別拉亞（2個團）、沃茲德維仁卡和扎維京斯克。其餘的所有飛機都被銷燬和封存。

1994年，俄羅斯進行裁軍，導致原先屬於遠端航空兵的2個空軍集團軍和最高統帥部戰略空軍第37集團軍都被解散，所有部隊只編為5個重型轟炸航空兵師（分別駐在恩格斯、索利奇、別拉亞、烏克蘭卡和沃茲德維仁卡）、北極作戰叢集（季克西）和第43作戰使用和飛行人員訓練中心（梁贊）。這個結構一直持續到了1998年。

1994年空軍設有遠端航空兵指揮部，共4個集團軍、4個師，裝備戰略轟炸機158架（45架圖-95B/G、27架圖-95H6、62架圖-95H16、11架圖-95T、24架圖-160）、40架圖-22、170架圖-22M，偵察機有30架圖-22、40架加油機（20架米亞-4和20架伊爾-78）。

之後的幾年，俄遠端航空兵發展停滯不前，拿1997年實力來說，與3年前相比，戰略轟炸機減少到了66架（28架圖-95H6、32架圖-95H16、6架圖-160），此外還有125架圖-22M3和20架伊爾-78。

圖-22M3飛機例行訓練

1998年，俄羅斯空軍和防空軍合併成了空軍，隨之存在達37年之久（1946-1980年、1994-1997年）的遠端航空兵指揮部被取消，取而代之的是最高統帥部戰略空軍第37集團軍，總部設在莫斯科，但仍保留以前的稱謂-遠端航空兵。

最高統帥部戰略空軍第37集團軍編有2個重型轟炸航空兵師，每個師4個團。其中近衛重型轟炸航空兵第22師有2個戰略轟炸機團（恩格斯，裝備圖-160和圖-95MC各一個團）、2個遠端轟炸機團（裝備圖-22M3，分別在索利齊和沙伊科夫卡）。近衛重型轟炸航空兵第326師編有2個戰略轟炸機團（裝備圖-95MC，阿穆爾附近的烏克蘭卡）和2個遠端轟炸機團（裝備圖-22M3，分別在別拉亞和沃茲德維仁卡）。加油航空兵第203團（裝備伊爾-78，駐地梁贊附近佳吉利沃）和第43作戰使用和飛行人員訓練中心（裝備圖-95MC，圖-22M3和圖-134УБЛ）。每個轟炸航空兵團3個大隊（飛機6-9架），每個大隊3箇中隊（飛機2-3架）。

軍事力量平衡年鑑2002-2003統計，俄羅斯遠端航空兵共裝備15架圖-160（很不幸2003年9月18日墜毀1架）、63架圖-95MC、125架圖-22M3、20架伊爾-78和30架圖-134УБЛ。而到了2007年則擁有78架戰略轟炸機（14架圖-160、64架圖-95MC），此外還有60架圖-22M轟炸機。

攜帶X-22導彈的圖-22M3

2008年，最高統帥部戰略空軍第37集團軍有轟炸航空兵2個師4個團、獨立航空兵團4個和1個飛行訓練中心。裝備116架圖-95、15架圖-160、117架圖-22M、20架伊爾-78、30架圖-134。擁有圖-22M系列飛機的部隊如下

近衛重型轟炸航空兵第22師重型轟炸航空兵第52團：駐地Шайковка 沙伊科夫卡-圖- 22M3

近衛重型轟炸航空兵第22師重型轟炸航空兵第840團：駐地Сольцы索利奇 -圖- 22M3

重型轟炸航空兵第326師重型轟炸航空兵第200團駐地：Белая別拉亞 (伊爾庫茨克附近）-圖- 22M3

重型轟炸航空兵第326師重型轟炸航空兵第444團：駐地Воздвиженка沃茲維仁卡 （烏蘇里斯克附近） -圖- 22M3

第43作戰使用和飛行人員訓練中心：駐地Рязань梁贊：擁有圖-22М3和圖-95МС轟炸機以及圖-134УБЛ和安-26運輸機等

此時，俄羅斯海軍航空兵裝備50架圖-22M3轟炸機，主要在北方艦隊獨立偵察航空兵第924團和太平洋艦隊獨立混合航空兵第568團。

2009年，俄羅斯空軍改為7個司令部，分別是空天防禦、遠端航空兵、軍事運輸和4個地區空防司令部，取消了所有師、團建制，共建立了55個基地。根據俄羅斯武裝力量改革計劃，遠端航空兵被改編為基地。航空基地取代航空團和師成為遠端航空兵的核心。恩格斯近衛第6950頓巴斯紅旗航空基地（該基地及以下基地均為一級基地）：2個圖-160大隊，2個圖-95MC大隊。沙伊科夫卡近衛第6951航空基地：3個圖-22M3大隊。烏克蘭卡近衛第6952塞瓦斯托波爾-柏林紅旗航空基地：4個圖-95MC大隊。別拉亞近衛第6953佈列斯特紅旗航空基地3個圖-22М3大隊和第181獨立運輸機大隊、第43作戰使用和飛行人員訓練中心，後者駐有伊爾-78空中加油機。

恩格斯近衛第6950航空基地是遠端航空兵的中心基地，這裡駐紮著圖-160和圖-95MC戰略轟炸機。俄羅斯國防部長、政府總理和總統在不同時期都視察過該航空基地。

恩格斯機場的圖-22M3機群

在1994年11月29日到1996年8月14日的第一次車臣衝突中，遠端航空兵主要從恩格斯機場派出了14架圖-22M3轟炸機，共出動172架次，其中攻擊武裝組織目標60架次、對道路/山口和地段實施佈雷65架次、對目標和地面實施照明24架次、轉場23架次，共飛行737小時。在攻佔格羅茲尼戰役開始前，12月1日前線航空兵和遠端航空兵對漢卡拉、卡利諾夫斯卡亞和北格羅茲尼3個機場實施了2次轟炸突擊。突擊的效果較好，造成車臣武裝所有飛行器都被摧毀或者擊傷（筆者注：俄軍統計是擊毀飛機165架、擊傷100餘架），不過遺憾的是北格羅茲尼機場的跑道、滑行道、停機坪、機場建築物和設施均未遭到破壞（筆者注：按照俄羅斯軍方說法是為了保證這些機場還可以被俄軍繼續使用）。俄軍的這次行動相當精彩，當時的車臣“領導人”杜達耶夫也向昔日的戰友俄空軍司令傑伊涅金髮去了一份電報：“祝賀您獲得了制空權，但我們將會在地面相見！杜達耶夫將軍”。

12月24日，為了阻止外地的武裝分子支援格羅茲尼，遠端航空兵的圖-22M3轟炸機對車臣武裝盤踞的阿爾貢、古傑爾梅斯和沙利地區進行了猛烈的轟炸。這次行動，為俄軍最終在1995年1月19日攻克格羅茲尼奠定了基礎。

雖說這次作戰行動比較成功，然而此時的俄羅斯遠端航空兵由於國內政局動盪，經濟持續下滑，導致軍費嚴重不足，使得部隊建設受到前所未有的負面影響。不僅裝備無法得到更新，連維持現有裝備和日常的訓練也存在問題。由於缺乏燃油，空軍飛行員基本訓練時間都得不到保障，平均每年只能飛行25個小時，遠低於西方國家飛行員200個小時。同時，大量有經驗的飛行員迫於生計而離開部隊，導致戰鬥力急劇下降。

圖-22M3飛機雙機編隊

第一次車臣戰爭後的10餘年，圖-22M3飛機一直沒有在實戰中出現過。2008年8月8日，正當北京奧運會勝利召開之時，喬治亞與俄羅斯因為南奧塞梯問題爆發了武裝衝突。在俄格衝突中，遠端航空兵圖-22M3再度披掛上陣，不幸的是重型轟炸航空兵第52團的1架圖-22M3在轟炸喬治亞1個步兵旅集結地返航途中在6000米高空被擊落，未能再現昔日的零損失記錄。

此時喬治亞空軍有0.14萬人，裝備直升機15架（武裝直升機3架）、攻擊機7架、教練機9架和運輸機4架。防空裝備方面則有3個防空導彈營以及幾十門高炮。

8月9日0點57分，俄空軍轟炸了波季港和謝納基的軍事基地。9點50分，俄軍遵照總統梅德韋傑夫的命令實施“強制和平行動”。一接到準備實施“強制和平行動”的命令，俄最高統帥部戰略空軍第37集團軍各級指揮機關馬上轉入了戰時機制。晚21時，第一批作戰飛機開始起飛。10多架圖-22M3對喬治亞領土首批目標實施了精確的空中突擊：盧斯塔維地區的武器彈藥庫，瓦佳尼、謝納基和馬爾聶烏利機場。在這些行動中，遠端航空兵損失了1架圖-22M3轟炸機。4天內完成50多架次，對科多爾峽谷敵大批部隊打擊效果最佳。根據統計，整個作戰，遠端航空兵共出動70架次，攻擊了近20個目標，其中包括4座機場、1座公路橋、若干彈藥庫和一些人員集結地，投彈千餘枚。

在這場5天的衝突中，俄空軍一開始就對喬治亞空中和地面的空襲與防空兵器、軍事基地等重點目標進行了迅速壓制和摧毀，完全掌握了交戰區域以及整個喬治亞的全境制空權。在整個5天的作戰中，俄空軍共出動2500架次，對喬治亞主要的空軍基地、對空情報雷達站、彈藥庫、公路、橋樑以及飛機制造廠等目標進行了空襲。俄空軍的作戰行動不僅有效支援了地面部隊，還沉重打擊了喬治亞的民心士氣。

圖-22M3投彈