三河壩戰鬥結束後，朱德帶著部隊準備南下潮燦與主力部隊匯合，但在路上就遇見了從潮燦退下來的零星主力官兵，從他們口中得知，潮燦的主力已經失利，現在自己已是四面樹敵孤立無援，為了保留南昌起義的革命火種，朱德決定率領起義部隊向湘南地區轉移，這支部隊離開茂芝後，一路急行軍來到福建武平時部隊僅剩餘2500人，他們很快被錢大鈞的部隊發覺，錢大鈞派出1個師追擊，起義軍就地擊退追敵後卻只剩1500餘人，然後開始轉向西北。

部隊到達閩贛邊界石經嶺附近的隘口時，朱德親自帶領幾個警衛人員爬上懸崖峭壁，從敵人的後方發動攻擊，搶佔了敵人佔領的隘口，帶著部隊進入贛南山區，雖然朱德帶著部隊擺脫敵人的重兵圍堵，但此時的部隊境況依然困難，時常受到地主武裝和土匪的襲擊，平時只能在山谷中的小道里行軍，累了就在山林中休息，官兵們此時飢寒交迫疾病流行，開始有不少官兵相繼離開部隊，南昌起義留下的革命火種面臨著再次熄滅的危險。

起義軍到達江西安遠縣天心圩時，部隊已經減員至900多人，在這樣危急的關頭，朱德在一棵大樹下召開了軍人大會，並發表了激動人心的講話，朱德說道：大革命雖然失敗，我們的起義軍也失敗了，但是我們還要繼續革命，同志們，要革命的跟我走，不革命的可以回家，我們不會勉強，但是，我們要把革命的前途看清楚“。朱德這番鏗鏘有力的講話精闢的分析了當時的政治形勢，也展現出革命必然要向前發展的光明前景。

經過天心圩整頓後，朱德又領導了大禹整編和上堡整訓，被稱為”贛南三整“，透過這三次整訓，部隊又重新樹立起了革命信念，重新整編了部隊整頓了紀律，並且強化了軍事訓練，在這支不到900人的隊伍中，有很多人成為了我軍後來的高階將領，裡面有陳毅、粟裕、林彪等人，穩定軍心後，朱德決定把起義軍的火苗引向湘南的廣大地區。

1928年3月，寧漢戰爭結束，湘粵兩地的軍閥相繼調動7個師的兵力，開始圍攻湘南地區，為儲存實力，朱德率部撤出湘南和毛澤東會師井岡山，經過長途行軍朱德來到江西省寧岡縣龍市鎮的龍江書院和毛澤東實現了歷史性的會面，在朱德到來之前，井岡山上有毛澤東率領的秋收起義部隊千餘人，王佐和袁文才的部隊600人，而朱德部隊和湘南農軍部隊超過1萬人，朱德的到來極大的加強了井岡山的軍事力量，從1928年底，湘贛兩省的軍閥糾集3萬多人，分5路進攻井岡山，到1930年全國已經有幾十塊革命根據地，紅軍部隊一度達到6萬餘人。