很多魚友把魚缸裡渾濁的水質判定為硝化系統沒有建立好，把水由渾濁變清澈作為硝化系統已經建立完善的標誌，這種理解是完全錯誤的。因為水質的清與濁和硝化菌都沒有關係，硝化菌的作用是去除水中的毒素（氨和亞硝酸鹽）起到淨化水質的作用，而不是清潔水體。

氨和亞硝酸鹽是無機物，它們的存不會引起水質混濁，就像鹽撒進水裡不會使水變混一個道理。水絕不會因為有了氨和亞硝酸鹽的存在而變的混濁，也不會隨著氨和亞硝酸鹽的去除而變的清澈。因此硝化菌和水的清澈混濁沒有關係。

透過上面的解析我們已經知道：“水混濁的主要原因是魚便殘餌等過多的有機物引發異營菌大量繁殖造成的”。要想控制這種生物性混濁有兩條途徑：1、殺滅過度繁殖的異營菌，2、清除過多的有機物。硝化菌完全不具備這樣的功能，硝化菌不具有殺菌抑菌和分解有機物的功能，不會因為有硝化菌的存在影響異營菌的繁殖，相反過多的有機物和異營菌卻是硝化菌的天敵，被有機物侵佔的濾材會使硝化菌無法在上面生長繁殖，因此隨著開缸時間的延長，陶瓷環等生物濾材會逐漸的被有機物殘渣覆蓋，魚缸的硝化能力會越來越弱，直到有一天所有的濾材都被佔滿，硝化系統崩潰。

所以定期清洗濾材對於硝化菌的培養是很有必要的。