2004年6月30日，被美軍關押在美軍“克奧普爾營”基地的薩達姆·侯賽因和其他11名復興黨高階領導人被移交伊拉克臨時政府，以反人類罪和其他罪行接受審判。

幾周後，伊拉克特別法庭指控他1982年對杜賈爾居民犯下的罪行，此前他遭到暗殺未遂。具體指控包括謀殺148人、虐待婦女和兒童以及非法逮捕其他399人。

審判中的許多挑戰包括：薩達姆和他的律師們質疑法院的權威，並堅稱薩達姆仍然是伊拉克總統。薩達姆的幾名律師遭遇暗殺和暗殺企圖。庭審中途更換主審法官。

2006年11月5日，薩達姆因被判犯有危害人類罪，判處絞刑。薩達姆同父異母的兄弟巴爾贊·易卜拉欣和1982年伊拉克革命法院院長阿瓦德·哈邁德·班達爾也因類似罪名被定罪。律師們對有罪判決和死刑均提出上訴，但伊拉克最高上訴法院核准了法庭的判決。

出席行刑現場的人員稱，伊拉克前總統薩達姆在被執行絞刑前並未提出任何最後的請求，他也沒有要求神職人員出席他被處絞刑的現場。

法庭上的薩達姆

伊拉克前總統薩達姆·侯賽因於2006年12月30日被執行絞刑的。他被伊拉克杜賈爾大屠殺特別法庭判處絞刑，法庭指控他1982年在杜賈爾鎮殺害148名伊拉克什葉派教徒，以報復對他的暗殺企圖。法官隨後宣判，罪名成立，判處薩達姆絞刑。

伊拉克政府公佈了一段處決他的官方影片，顯示他被帶到絞刑架上，在劊子手的絞索套在他的頭上之後結束。當一段絞刑的手機影片顯示，他被一群伊拉克人包圍，他們用阿拉伯語嘲笑他，讚揚什葉派牧師穆克塔達·薩德爾，隨後他從絞刑架的活板門摔了下來，這引起了國際公眾的爭議。

在被伊拉克法院判處死刑後，薩達姆要求由行刑隊槍決而不是絞死，聲稱這是合法的請求，並以他擔任伊拉克軍方指揮官的軍事職位為由。法院拒絕了這一請求。在處決前兩天，一封薩達姆寫的信出現在阿拉伯社會主義復興黨的網站上。在信中，他敦促伊拉克人民團結起來，不要憎恨像美國這樣入侵伊拉克的國家的人民，而要憎恨美國決策者。他說，他已經準備好作為一名烈士死去。

在行刑前幾個小時，薩達姆吃了最後一餐雞肉和米飯，還有一杯熱水和蜂蜜。

沙烏地阿拉伯譴責伊拉克當局在聖日行刑。一位來自Al-Ikhbariya電視臺的主持人正式宣告：“對於判決在神聖的月份和宰牲節的頭幾天執行，人們感到驚訝和不贊成。伊斯蘭國家的領導人應該尊重這個神聖的時刻。。。不是貶低它。”

處決發生在巴格達東北郊區卡齊曼的伊美聯合軍事基地“正義”營地。與最初的報告相反，薩達姆是單獨被處決的，而不是與2007年1月15日被處決的同案被告巴爾贊·易卜拉欣·提克里蒂和阿瓦德·哈邁德·班達爾同時被處決。巴爾贊被繩子搞掉了腦袋，因為執行人員對他體重和下落長度的計算不正確。薩達姆的堂兄阿里·哈桑·馬吉德被判處死刑，並於2010年1月25日被處以絞刑。

報道援引一名參與導致薩達姆死亡事件的伊拉克高階官員的話說，“美國人希望把處決推遲15天，因為他們不希望他馬上被處決。但在處決前一天，總理辦公室提供了他們要求的所有檔案，美國人看到總理非常堅持，就改變了主意。美國軍方發言人威廉·考德威爾少將在巴格達對記者說，在薩達姆被“實際控制”給伊拉克政府之後，“多國部隊絕對沒有直接參與處決行動，沒有美國代表出席處決現場。

有報道稱薩達姆的行為是“順從的”，他隨身攜帶著在被處決前的整個審判過程中一直隨身攜帶的古蘭經。作為薩達姆被處決的目擊者，魯巴伊稱，薩達姆一再高喊“打倒入侵者”。據報道，魯巴伊問薩達姆是否有任何悔恨或恐懼，薩達姆回答說：“我是一名武裝分子，我不害怕。我一生都在聖戰和抵抗侵略。任何走這條路的人都不應該害怕。”

絞刑架上的薩達姆

處決的目擊者薩米·阿斯卡里說，“在繩子套在他的脖子上之前，薩達姆大聲喊道：‘真主偉大。穆斯林世界將會勝利，巴勒斯坦將是阿拉伯人！”薩達姆還強調，伊拉克人應該與美國侵略者作戰。繩子繫好後，衛兵們高聲譴責，包括“穆克塔達！穆克塔達！穆克塔達！”在提到穆克塔達·薩德爾時，薩達姆嘲弄地重複了這個名字，並斥責喊道：“你認為這種行為勇敢嗎？”在場的一些人朗誦了什葉派版本的伊斯蘭祈禱文。一名觀察員告訴薩達姆：“去地獄吧！”薩達姆回答說，“那是伊拉克嗎？”

副檢察官Munqith al-Faroun迴應了質問者，他說，“拜託，住手。這個人面臨死刑。”

薩達姆開始背誦經文兩遍。據《紐約時報》報道，當他第二次朗誦接近尾聲時，活板門突然開啟，劊子手們“堅持不懈地為什葉派英雄歡呼，以至於一名觀察員（在行刑室裡）評論說，控制民兵的努力似乎並不順利。”在行刑過程中，聽到斷裂聲，表明他的脖子骨折了。薩達姆被執行絞刑幾分鐘後，醫生用聽診器檢測心跳來確認死亡。在什麼也沒發現後，繩子被割斷，他的屍體被放在棺材裡。他於06:03被證實死亡。

與總理馬利基關係密切的什葉派著名政治家薩米·阿斯卡里親眼目睹了這一事件，並告訴路透社，薩達姆被處決的過程持續了大約25分鐘，一旦薩達姆從活板門中摔下，他的死亡很快。“一個衛兵拉了一根槓桿，他掉進了半米深的活板門裡。我們聽到他的脖子瞬間斷裂，甚至看到繩子周圍有少量血跡。他補充說：“在醫生確認他的死亡之前，他們讓他吊了大約10分鐘，然後把他解開，放在一個白色的屍袋裡。”。

錄影顯示，一群身著便服、戴著滑雪面具的警衛幫助薩達姆爬上一個金屬小樓梯，在樓梯上，薩達姆脖子上纏著一塊布，然後踏上了活板門。一道紅色的金屬屏障包圍著低天花板、灰色混凝土牢房般房間的活板門。

劊子手身穿米色皮夾克，把粗繩子套在薩達姆的頭上，收緊了他脖子左側的絞索。劊子手和薩達姆說了幾句話，薩達姆點了點頭。

薩達姆身穿黑色外套，外搭黑色V領套頭衫，白襯衫，黑色褲子和黑色鞋子。阿斯卡里說，他被告知在行刑前摘下一頂黑色羊毛帽子。

另一名官方證人證實薩達姆當場死亡。

薩達姆被處絞刑

”他看起來很平靜。他沒有顫抖，”這位官員說，並補充說，69歲的薩達姆在死前背誦了穆斯林的信仰：“沒有其他神，只有真主，穆罕默德是他的先知。”

阿斯卡里說，根據他的觀察，薩達姆於早上6點10分（格林尼治標準時間3點10分）在卡迪米亞的伊拉克陸軍基地被處決。這個基地曾是薩達姆軍事情報部門的總部，許多受害者在同一個黑暗的絞刑架上遭受酷刑和處決。巴格達北部地區也是什葉派伊斯蘭教最神聖的聖地之一。

薩達姆進入小禮堂後，坐在一個座位上，法官向他宣讀了判決的細節。但當他看到攝像機進來錄音時，他開始喊我們在法庭上聽到的垃圾。巴勒斯坦萬歲和其他口號。”

幾天後又出現了第二個非官方影片，顯示薩達姆的屍體在手推車上。由於薩達姆·侯賽因脖子上有一個大洞，這引發了人們的猜測，認為執行死刑的方法是錯誤的。

對處決的反應各不相同。批評來自於薩達姆的支持者，他們認為這是不公正的，而不支援薩達姆的人士則希望對除他被定罪的罪行（包括據稱更嚴重的罪行）以外的其他罪行作出更多的判決，還有一些人認為審判薩達姆是正義的，但不贊成對薩達姆判處死刑。支持者稱，薩達姆在行刑過程中的姿態是勇敢和不屈的，直到最後一刻，一些人認為他是烈士。據報道，薩達姆在行刑期間和/或死後在墳墓裡的遺體曾受辱，而其他人則否認了這些說法。

人權觀察發表宣告說，“處決是在一次有缺陷的審判之後進行的，標誌著伊拉克離法治倒退了重要一步。”大赦國際發表宣告說，它“在任何情況下都反對死刑，但在不公正的審判後施加這一最終懲罰時，這種做法尤其令人震驚。”在處決前兩天，國際人權聯合會發表宣告，呼籲國家元首暫停對薩達姆·侯賽因處以絞刑的死刑。該組織還表示，根據日內瓦四公約，薩達姆應該被視為戰俘。胡安·科爾說，處決薩達姆可能會導致更多的教派動亂，對薩達姆的審判和處決是為了報復，而不是為了正義。他說，這種報復行為不但沒有促進民族和解，反而幫助薩達姆最後一次把自己描繪成遜尼派阿拉伯抵抗運動的象徵，而且又一次煽動宗派戰爭。

薩達姆的律師稱這一審判“公然違反國際法”，並計劃繼續“利用當地和國際上現有的一切法律途徑，直到公眾輿論瞭解這起政治暗殺事件的真相。”，薩達姆的美國辯護律師稱這次處決是“美利堅合眾國在美國總統布什領導下傲慢的侵略者不公正的不幸表現。它使幾十年來國際刑法的成就倒退了許多年，並向全世界人民發出了一個明確的資訊，即法律不能阻止美國的侵略。對國際正義來說，這確實是一個悲傷的日子，也是新年的一個悲慘的開始。”