監察機關與偵查機關互涉案件限於主體同一型互涉，即同一主體既實施了職務犯罪，又單獨或與他人共同實施了普通犯罪；或者同一主體既實施了普通犯罪，又同時系職務犯罪的共犯。併案辦理是監察機關與偵查機關互涉案件的一種辦理模式。併案辦理，又稱合併管轄，是指監察機關對依法屬於其管轄的職務犯罪和偵查機關管轄的職務犯罪或者普通犯罪案件一併進行調查的辦理模式。

檢察機關管轄的司法工作人員利用職權實施的非法拘禁、非法搜查、刑訊逼供等侵犯公民權利、損害司法公正的犯罪，以及經省級以上檢察機關決定後直接辦理的原由公安機關管轄的國家機關工作人員利用職權實施的重大犯罪案件，均屬於職務犯罪案件，監察機關均有管轄權。監察機關認為其與檢察機關互涉案件採取併案辦理模式更為適宜的，可以與檢察機關溝通後併案辦理，檢察機關已經立案偵查的則相應撤銷案件。調查終結後，監察機關形成起訴意見書，將被調查人涉嫌職務犯罪問題移送其同級檢察機關審查起訴。

併案調查終結後移送檢察機關審查起訴主要有兩種模式：一是統一移送起訴模式，即監察機關形成起訴意見書，將被調查人涉嫌職務犯罪問題和普通犯罪問題一併移送同級檢察機關審查起訴。二是分別移送起訴模式，即監察機關先形成起訴意見書，將涉嫌職務犯罪問題移送同級檢察機關審查起訴；同時將涉嫌普通犯罪問題通報公安機關，由公安機關立案偵查，並在偵查終結後形成起訴意見書，將涉嫌普通犯罪問題移送同級檢察機關審查起訴，其中監察機關收集、調取的證據材料可以在刑事訴訟中作為證據使用，公安機關不需要進行證據轉化；由檢察機關在審查起訴階段將被調查人涉嫌職務犯罪問題和涉嫌普通犯罪問題併案審查，一併提起公訴。

採取分別移送起訴模式的，被調查人涉嫌普通犯罪問題可不移送本機關案件審理部門審理，也不宜作為給予被調查人黨紀政務處分的依據，但在商請同級檢察機關提前介入審查涉嫌職務犯罪問題時，宜商請檢察機關同步提前介入審查涉嫌普通犯罪問題，以確保檢察機關可以在審查起訴期限內併案審查，一併提起公訴。

需要注意的是，監察機關併案辦理的案件，若留置期限不能滿足全案調查工作需要的，可以商請相應偵查機關後，轉為採取分案辦理模式，由偵查機關在留置期限屆滿的同時對被調查人採取刑事強制措施。