17歲那年，甄嬛在後宮三年一次的選秀中憑藉機智才華和美貌被皇帝看中，冊封為常在，賜號“菀”。
當其他被選中的秀女都歡天喜地的時候，甄嬛卻開心不起來，因為她並不想進宮為妃，心高氣傲的她只想嫁給世間最好的男兒，成為他唯一的妻子。
太醫溫實初曾在選秀前私下裡向她求親，一是他愛慕嬛妹妹已久，二是他不想讓心愛的女子置身於後宮複雜的爭鬥中。
但是甄嬛看不上溫實初，以一直把他當作哥哥為由婉拒了他。痴情的溫實初只得在甄嬛進宮後，以太醫的身份護她周全。
當時的後宮以皇后和華妃兩派分庭抗禮，各種勢力暗藏其中無比兇險。甄嬛牢記父母的告誡，不想攪和在這兩股亂流中。
甄嬛在溫太醫的幫助下，假意生病刻意避寵。一起進宮的好姐妹沈眉莊此時首先得到皇帝的歡心，進宮之初就被賜協理六宮之權。這讓同樣握有協理六宮之權的華妃很是忌憚，開始處處打壓沈眉莊。
除夕之夜，病癒已久的甄嬛帶著自己的剪紙小相去倚梅園祈福，恰巧和前來追憶過往的皇帝偶遇，慌亂之下，甄嬛假借宮女的身份逃脫，那張剪紙小相被尾隨在皇帝身後的果郡王拿走。
皇帝對祈福時念出詩句“逆風如解意，容易莫摧殘”的“宮女”念念不忘，讓太監蘇培盛去找出這個有才學的宮女。
甄嬛祈福時，正好倚梅園的宮女餘鶯兒也在那裡修理梅花，她聽到了甄嬛念出的詩句，於是在蘇培盛來找“有才學的宮女”時，她冒充自己就是那個宮女，再加上她會唱崑曲，一舉博得皇帝的寵幸，被賜為餘答應。
沈眉莊一臉失落的來找甄嬛訴苦，說正得寵的餘答應風頭就快要蓋過她了。甄嬛得知餘答應是因為除夕夜和皇帝偶遇才得寵的，若有所思。
春光明媚的一日，甄嬛一時興起帶著貼身宮女流朱來到皇宮後花園遊玩，思家情切的她吹起蕭來，簫聲之美妙正好被經過的皇帝聽到。
皇帝假借果郡王之名和甄嬛聊天，一番閒聊下來，他對才華和美貌皆很出眾的甄嬛甚為心動。他們約定三日後還在此品蕭。
三日後恰逢天降大雨，皇帝和甄嬛雖然按照約定都來到了後花園，卻因為到來的時間不同而錯過了。
皇帝還為此感染風寒生了病。而甄嬛早已經對冒充果郡王的皇帝動了心，她失落的在自己宮裡喃喃自語，一旁的流朱看出她的心事，讓她不要愛上不該愛的人…
幾天後，甄嬛又帶著流朱來到後花園盪鞦韆，此時餘答應也帶著宮女來到此處，她懷疑甄嬛在此勾y皇帝，出言不遜的訓斥了甄嬛。
這一幕正好又被前來尋找甄嬛的皇帝撞到，他對兩幅面孔的餘答應十分厭惡，當下就對她進行了降位處罰，還讓她搬到他看不到的地方去。
為了安撫得知他身份後驚慌失措的甄嬛，他提升甄嬛為菀貴人，還主動抱著甄嬛回到了她居住的碎玉軒。
本來永遠也無法得到的王爺原來是自己的夫君皇帝，甄嬛嬌羞之餘難掩心裡的竊喜…
倍受冷落的碎玉軒一下子容光煥發，各宮賞賜不斷。同時，各宮的妒忌憤恨也悄然升起。
皇帝只帶甄嬛一人去泡湯泉，還滿足她的願望行撒帳之禮，喂她吃“生餃子”，眉眼之間皆是對她的寵溺和喜歡。
彼時，皇帝是甄嬛的“四郎”，甄嬛是皇帝的“嬛嬛”。
一連七日，皇帝只寵幸嬛嬛一人。這引發了後宮其他嬪妃的嚴重不滿。尤其是華妃，更是惱怒的直言“殺了甄嬛”。
甄嬛是個集美貌和智慧於一體的女子，她深知集寵於一身，也是集恨於一身，於是她勸皇帝不要只寵她一人，要多去皇后和其他嬪妃那裡走走。
但是當皇帝真的去華妃齊妃那裡走走的時候，甄嬛又忍不住失落起來…
甄嬛的“識大體”讓皇帝更為動心，但是他對她的偏愛太過明顯，也為她日後遭人陷害埋下了引線。
首先陷害她的就是華妃以及在甄嬛得寵的同時失寵的餘答應。餘答應在華妃的協助下，在甄嬛吃的藥裡做了手腳，差點讓甄嬛變成痴呆。好在甄嬛及時發現，又在溫太醫的幫助下查明瞭原因。
不得不說，在後宮如果沒有溫太醫的幫助，甄嬛早就為人魚肉。
陷害甄嬛的事情被皇帝知道後，餘答應被賜死，但華妃等人卻撇的很乾淨。
甄嬛的好姐妹沈眉莊和安陵容為她出謀劃策，利用“鬧鬼”風波讓華妃一黨露出了馬腳，最後華妃的親信麗嬪被罰冷宮，華妃被皇帝收回協理六宮之權。
華妃，這個在甄嬛出現之前皇帝身邊唯一最受寵的女人，甄嬛出現後，屢屢受寵，導致她屢屢失寵，她恨極了甄嬛，處心積慮的要置甄嬛於死地。
彼時，皇帝的身邊最受寵的兩個新晉妃子就是甄嬛和沈眉莊，她倆又是多年的好姐妹。
華妃覺得甄嬛暫時不好對付，就開始拿沈眉莊開涮。她在親信曹貴人的出謀劃策下利用沈眉莊求子心切，聯合太醫製造了一場“假孕”事件。
沈眉莊吃了太醫開的“催孕藥”後很快“懷孕”，這讓她十分驚喜，皇帝也非常開心，賜沈眉莊為“慧貴人”，對她更加的呵護寵愛。
但真相很快被華妃揭穿，讓皇帝誤以為沈眉莊假孕爭寵，一氣之下降位“慧貴人”為“沈答應”。
面對皇帝的不念舊情和重罰，昔日裡春風得意的沈眉莊心灰意冷。
好姐妹沈眉莊被降位禁足後，甄嬛開始孤立無援，她心生一計助推一直默默無聞不受皇帝待見的答應安陵容上位。
小家碧玉的安陵容十分擅長唱歌，在甄嬛的幫助下，她用一首曲子一舉贏得皇帝的傾心，成為新的寵妃。
眼看昔日裡濃情蜜意的“四郎”如今眼裡都是她人，哪怕這個人是她自己舉薦的好姐妹，甄嬛依舊很失落。
這種失落被心思細膩的安陵容看在眼裡，她覺得甄嬛並非真心幫助她，於是在“貴人”菀姐姐面前一直小心翼翼的乖巧討好。
安陵容得寵後的一次宮宴上，甄嬛眼見新人笑又開始心情不佳，她藉故酒醉，在親信槿夕的攙扶下來到桐花臺散心。
此時，果郡王也在桐花臺懷念母親。這是甄嬛第二次見到果郡王。
第一次相見是她和流朱在河邊戲水，被一旁飲酒的果郡王誇讚“玉足很白”。
甄嬛對果郡王的第一印象並不佳，第二次相見也很唐突，但是在接下來的聊天裡，她開始覺得果郡王並非膚淺之人，對他的印象開始改觀。
後來甄嬛偷偷去見被禁足的沈眉莊，同時設計陷害華妃，成功離開之時差點被侍衛撞破，情急之下躲進荷花池的一艘小船裡。
好巧不巧，果郡王正好在這艘船裡打瞌睡，他打了掩護救下了甄嬛。深夜，兩人乘船賞荷花，甄嬛發現了從果郡王懷裡掉下的屬於她的那枚剪紙小相，知道王爺的意中人就是她。但是她沒有說破。
宮中發生瘟疫，華妃藉機將染了時疫的宮人用過的杯子送給沈眉莊使用，想借時疫害死沈眉莊。沈眉莊不幸染上時疫。
甄嬛得知後心急如焚，冒死請求溫太醫救治沈眉莊。溫太醫恰巧研製出了醫治時疫的方子，沈眉莊方才脫難。
甄嬛又派人找到了和華妃一起陷害沈眉莊的太醫，從而為沈眉莊洗脫了冤屈，復了位份。
但是沈眉莊已經徹底對皇帝寒心，她不在獻媚爭寵，而是依傍太后安身立命。
甄嬛越來越得皇帝的歡心，在她十八歲生日那天，皇帝特意在圓明園給她過了一個盛大的生日，又是放風箏祈福又是賞荷花的，給了她一個驚喜。只不過，製造這些驚喜的是果郡王。
果郡王藉著皇帝讓他替自己想辦法逗甄嬛開心的由頭，費勁心思給心愛的人制造了一個大驚喜。
這個愛上皇嫂的王爺真是和溫實初一樣痴情呵，兩個男人已經到了成家的年紀卻死活不娶，只為了那個永遠都得不到的人。
甄嬛在後宮的地位越來越穩固，因為懷孕被皇帝喜封為菀嬪，她的父親也被提升官職。她在後宮可謂是一枝獨秀。
沈眉莊雖然不再爭寵，但也在暗中幫助著甄嬛。倒是借甄嬛上位的安陵容在皇后的挑唆下開始和甄嬛離心，甚至在她的菀姐姐懷孕後陷害她讓她小產。
甄嬛第一胎小產明面上是華妃罰跪造成的，實則是安陵容和皇后。
華妃看起來囂張跋扈，但皇后才是隱藏最深的大Boss，她利用甄嬛一步步除掉華妃，又害怕榮寵正盛的甄嬛成為第二個華妃，所以暗地裡拉攏安陵容一起打壓陷害甄嬛。
甄嬛小產後因為皇帝不肯處死華妃而和皇帝置氣，導致皇帝第一次和她離心，嫌她太倔強賭氣多日不理她。
皇帝就是皇帝，寵你的時候你就是寶貝，惹他不開心的時候哪怕心裡再委屈也要你自己想清楚。他永遠不會為了任何一個妃子低三下四的道歉。
甄嬛在這次和皇帝的置氣中還被齊妃和富察貴人扇了嘴巴，她開始明白，在後宮沒有皇帝的寵愛只能任人宰割。
於是她用了一記又讓皇帝迷她迷的不行了。但是她卻不是原來的甄嬛了，她開始黑化起來，不僅嚇瘋了富察貴人還巧用心智扳倒了華妃，讓華妃一黨徹底消失。
就在她步步高昇即將被冊封為菀妃時，在皇后的設計下，她誤穿了已故純元皇后的衣服，引發皇帝勃然大怒，當即下令幽禁甄嬛。
純元是誰？那可是皇帝的心頭摯愛，永遠失去的白月光。甄嬛此時才明白她這幾年來所得到的恩寵皆是因為她酷似純元皇后，她只是一個替身罷了！
心高氣傲的甄嬛得知真相一下子如墜深淵。而此時的她已經再次有孕。但是皇帝正在氣頭上，遭到幽禁的她處境堪憂，病到昏厥。
貼身宮女流朱流朱心切，一脖子撞到了侍衛的刀尖上才換來溫太醫的前來。
流朱的死讓甄嬛更加的恨皇帝、恨皇后和安陵容等人，但是她卻沒有能力報仇。
皇后和安陵容是鐵了心要除掉甄嬛的，甄嬛的孤傲又讓她不肯向皇帝低頭，最終導致她生下公主後被廢除位份趕到佛寺清修。
在佛寺清修的甄嬛被姑子們欺負，每每在她最需要的時候，果郡王恰好都出現了，在果郡王才華橫溢又溫柔多情的攻擊下，早就動心的甄嬛終於和皇弟結為夫妻，甚至還懷了他的孩子。
這是本劇最毀三觀的地方。不過好景不長，果郡王在戰場上失蹤，為了查明真相，甄嬛又用美人計和換爹計讓皇帝把她接回了宮。
此時，她是風光無限的熹妃。真是氣煞皇后和安陵容等人了。
回宮後，甄嬛在後宮的險境中艱難生下和果郡王的龍鳳胎，喜當爹的皇帝高興的給甄嬛升職為“熹貴妃”。
熹貴妃已經徹底黑化，一步步排除異己，除掉了曾經陷害她的所有人，包括昔日姐妹安陵容和大Boss皇后。
代價是，好姐姐沈眉莊因她而死，留下了她與溫太醫生的公主。溫太醫也為了保護甄嬛把自己變成了太監。
甚至讓甄嬛“愛了一輩子”的果郡王也因保護她而死，最後的最後甄嬛為了給果郡王報仇，不惜把曾經深愛過的四郎也送去了極樂世界。
腹黑大女主也是沒誰了。
甄嬛最後成為了太后，這離不開三個男人的扶持。第一個是對她痴情一生的溫太醫，一直在後宮中守護她安危。第二就是皇帝了，他雖然貪戀甄嬛的美貌，又把她當作純元的影子，但內心還是真愛過她的，一步步把她提升為熹貴妃。不過他也是把純真的菀常在變成腹黑熹貴妃的始作俑者。
第三就是情人果郡王了，其實他最不堪，表面上看他很深情，其實就是覬覦皇嫂，親哥哥的女人都敢碰，他不死誰死？如果沒有他一而再三的主動接觸甄嬛，也許甄嬛的悲劇不會那麼多，甄嬛如果沒有對果郡王動心，她從佛寺回宮後就不會有那麼多風波，更不會那麼恨“四郎”。
但最後她生命中的這三個男人都離她遠去了，沒有誰在保護她，也沒有誰能傷害她。
劇尾她獨自躺在床上默默留下的一行淚也預示了她看似什麼都得到卻也失去了一切。失去了生命中最重要的幾個人，她最終也是孤獨的吧。