以鞭毛運動的單細胞生物進化出了原生生物的幾個類群，它們中的某些沒有親緣關係，但是在這一進化枝中佔據重要地位。

鞭毛蟲以一根或多根鞭狀線體快速遊動，多以更小的生物為食，如細菌。然而，與多變的變形蟲不同，這些鞭毛蟲的外形是固定不變的，其攝取的食物流入鞭毛基部的“胞口”中。值得注意的是，有些鞭毛蟲，如眼蟲，具有行為多樣性，它們可以根據不同的環境進行植物性或動物性營養方式。當處於光亮的條件下，這些生物能進行光合作用；而在黑暗的條件下，它們吸收光的細胞組織——葉綠體會萎縮，就轉而捕食其他生物。

生活在動物體內

該類群的大部分鞭毛蟲缺乏一般的、可進行呼吸作用的細胞結構，只能生活在動物腸道缺氧的環境中。許多鞭毛蟲專門寄生在昆蟲的腹腔中，以腹腔中被部分消化的食物為食，但不會對它們的宿主造成危害。還有一些寄生性鞭毛蟲，會使包括人在內的動物患上致命性的疾病。其中一種臭名昭著的鞭毛蟲——錐體蟲——透過昆蟲叮咬傳播，是導致熱帶地區昏睡病和黑熱病的罪魁禍首。

綠眼蟲——50μm

綠眼蟲是一種導致水華現象的常見生物，這種能自由運動的鞭毛蟲具有一層柔韌的細胞壁。纖細眼蟲——小眼蟲——35-55μm

這種眼蟲具有一根鞭毛，相互之間聚集在一起，形成凝膠狀的黏液。易變眼蟲——50μm

易變眼蟲通常比較長，有點像蟲子，可以改變身體的形狀。卜J廣THJ//眼蟲屬中的一些種具有鞭毛，其他則沒有。雅氏巴哈馬蟲——10μm

該鞭毛蟲生活在海底沉積物中，以碎屑為食。它的兩根鞭毛中的一根能藏在攝食口中。蘭伯士賈第蟲——9-21μm

蘭伯士賈第蟲又被稱為腸炎胎弧菌，這種腸道寄生蟲會導致賈第蟲病。它們寄生在宿主體內前，呈休眠包囊狀，具有一對細胞核。熱帶利什曼原蟲——10-20μm

熱帶利什曼原蟲透過白蛉傳播，該寄生蟲會導致面板利什曼病。這種面板病每年在全世界感染人數超過100萬。白蟻鞭毛蟲——錐體毛滴蟲——16μm

白蟻鞭毛蟲寄生在白蟻的腸道中，幫助白蟻消化木屑。它們一端具有4根鞭毛，第5根鞭毛在身體四周擺動。螺紋眼蟲——125-130μm

眼蟲屬的這種綠色或棕黃色眼蟲具兩根鞭毛、外殼上佈滿了一排排的疣突。布氏錐體蟲——18-29μm

布氏錐體蟲會導致睡眠病或者錐體蟲病，透過采采蠅的叮咬在脊椎動物中傳播。

討論——細胞結構趨向簡單的進化方式

大多數原生生物以線粒體進行有氧呼吸，白蟻腸道中的鞭毛蟲缺乏線粒體結構。有些學者認為，這些缺乏線粒體的鞭毛蟲是最初的原生生物。也有學者認為，它們是更高階的生物，在進化的過程中，由於長期生活在缺氧的環境中，導致其細胞內的線粒體逐漸消失。