囊泡蟲(Alveolata) 的生物因為都有相同的解剖學特徵——在細胞周圍的一圈微小囊泡，因此而被歸為一類，它們也由此而得名。

囊泡蟲包括三類表面上看起來不同，但都為單細胞的原生生物：腰鞭毛蟲，纖毛蟲，頂覆蟲。捕食性的腰鞭毛蟲，藉助其兩根鞭子狀的鞭毛在海洋中游動，這兩根鞭毛從細胞外殼上的開口伸出，相互之間呈直角。某些腰鞭毛蟲能釋放芒刺，以捕獲食物，其他的則可釋放毒素。腰鞭毛蟲的爆發性繁殖是世界上部分地區發生有毒赤潮的罪魁禍首。少數腰鞭毛蟲是夜光蟲，在夜晚受到干擾時能發光。

大多數纖毛蟲以獵取細菌為食。無數微小的毛髮狀纖毛的協調性跳動使纖毛蟲看起來在平穩而又優美地運動，整個細胞上都分佈有這些纖毛。纖毛也可以將食物送到功能相當於“嘴”的凹槽中。纖毛蟲幾乎無處不在，有些甚至生活在草食性哺乳動物的胃中，幫助消化胃中的植物纖維素。

相比之下，所有的頂覆蟲都是寄生蟲。它們因具有頂端複合器這一特徵而得名。這種結構有助於頂覆蟲進入活的動物細胞，奪取這些細胞的營養物質。瘧原蟲在頂覆蟲門中臭名昭著，它們寄生在動物紅細胞中獲取營養，並同時殺死紅細胞。

穆氏喇叭蟲——2-3mm

喇叭蟲以藻類為食，身體為喇叭狀，其形態在單細胞生物中是較大的。具柄纖毛蟲——50-160μm

具柄纖毛蟲的身體呈倒鐘形，一端具柄，當身體受到刺激時，柄捲曲呈彈簧狀。膨脹腎形蟲——35-90μm

這種常見的腎形纖毛蟲在土壤生態中具有重要作用，但它對殺蟲劑非常敏感。僧帽腎形蟲——40-110μm

在淡水水體的腐爛植物中常常能發現池塘纖毛蟲，它具有儲存營養物質的細胞器——液泡。結腸小袋纖毛蟲——50-130μm

它是唯一已知的寄生在人體中的纖毛蟲。它們可以使人患腸道潰瘍，或是嚴重的腸道感染。剛地弓形蟲——6μm

這種寄生蟲在貓和其他哺乳動物(包括人在內)之間傳播，會導致弓形體病。這種疾病會危害未出生的胎兒。三角角藻——225μm

這是最特別的鞭毛蟲之一，它們的爆發性繁殖會引發危害性赤潮。裸甲腰鞭蟲——38-50μm

鏈狀腰鞭毛蟲可形成多達32個細胞的長鏈狀可以遊動的結構。劇毒卡爾藻——17-19μm

這種浮游生物-桃形腰鞭毛藻的爆發性繁殖會導致赤潮爆發，毒害水體中的魚類。小球隱孢子蟲——4-6μm

這種頂覆蟲使其宿主患隱孢子蟲病，引發腹瀉，它們往往透過被糞便汙染的水源，以孢子的形式進入到宿主體內。惡性瘧原蟲——9-14μm

這是引起最致命瘧疾的瘧原蟲，這種寄生性頂覆蟲是導致全世界每年超過一百萬人死亡的罪魁禍首。瘧原蟲——10-100μm

這種腰鞭毛蟲在淡水或海水中的爆發性繁殖，會引發赤潮，毒害貝類。短凱倫藻——20-40μm

原名為短裸甲藻，這種浮游性腰鞭毛藻是引發墨西哥灣赤潮的主因。夜光蟲——200-2000μm

這種發光性浮游生物有一個氣囊，使它們能夠漂浮在靠近海平面的海水中。血紅哈卡藻——40-74μm

這是一種大型的五角形生物，引發了歷史上幾次被記錄的危害性水華，這種腰鞭毛蟲既能進行光合作用又能捕食其他浮游生物。強壯前鉤藻——11-24μm

如果人類吃了被這種浮游生物汙染的魚類，會因中毒而死亡。