企鵝的祖先，生活在恐龍還在活躍的白堊紀後期，現在的南極大陸和紐西蘭一帶。

那個時候的地球還很溫暖，那個時候的企鵝也不是在寒冷地區生活的鳥類。但因為遭到了巨大隕石的撞擊，地球寒冷化發生，結果導致了恐龍滅絕。企鵝因為尋找食物，潛到了寒冷的深海，獲得了耐寒的能力，從而在嚴酷的氣候變動中存活了下來。

現在的企鵝90％生活在營養成份豐富的，生物種類繁多的南極大陸及其周邊的寒冷海域。其中也有一些企鵝為了追求更好的生活環境，花費了很長時間進行遷徙，但最遠也就分佈在赤道附近有寒流流動的加拉帕戈斯群島。

企鵝不越過赤道移動到北極的原因是：在赤道周圍流動的暖流。在暖流流動的熱帶海水中，能作為企鵝食物的生物很少。再加上那裡還遊弋著許多鯊魚等兇猛的天敵，今後企鵝的活動領域擴充套件到北極的可能性幾乎沒有。

另外，一開始被叫做“企鵝”的是在北極的一種大海鳥。後來人類到了南極，發現了和大海鳥很像的鳥類，就把這種鳥也叫做企鵝。一開始被叫作企鵝的北極大海鳥在距今150年前滅絕了，所以現在企鵝只生存在南半球。