在印度尼西亞的幾個地區都可以找到這種古老動物的存在，因為印度尼西亞政府有特別保護這些野生動物，使得這些原始的動物得以生存。

印度尼西亞長期以來一直是各種熱帶植物和動物的家園。這些動植物共同維持了支援人類生命的自然生態系統的平衡。鮮為人知的是，印度尼西亞還是數百萬年來一直存在的幾種古老物種的家園。以下是一些仍在印度尼西亞存活的古老動物物種。

科莫多巨蜥

科莫多巨蜥（Varanus komodoensis）是蜥蜴的最大種類。有記錄以來，最大的科莫多巨蜥長3.13米，重166公斤。現在在科莫多島和東努沙登加拉省周圍的小島上可以找到科莫多巨蜥。科莫多巨蜥的原始棲息地在印度尼西亞群島中找到，在世界其他地方也找不到。

科莫多是一種自古以來就生活著的古代爬行動物物種。科莫多巨蜥的進化始於40-25百萬年前在亞洲開始發展。科莫多巨蜥是恐龍的近親，這一點從發現某些恐龍化石的過程中可以看出這一點，這些化石顯示出與科莫多巨蜥的身體結構相似。

恐龍早已滅絕，但科莫多巨蜥仍然存在。科莫多被稱為世界上最後的恐龍。曾與恐龍在一起的動物被稱為食肉蜥蜴，因為有時它們會捕食幼小的動物。

鱟

這種類似螃蟹的動物是生活在淺水區和紅樹林地區的一種節肢動物。

該動物是自泥盆紀（400-2.5億年前）以來其形狀沒有明顯改變的古代動物之一，儘管其種類不同。這種動物的形狀像帶尾巴的馬蹄形。

稜皮龜

據說自1億年前恐龍統治地球以來，稜皮海龜就已棲息在地球上。稜皮龜是最大的龜類。稜皮海龜重達900公斤，體長約一米半到兩米。

與其他海龜不同，稜皮海龜沒有堅硬的甲殼。甲殼就像一小塊硬骨頭的馬賽克，面板彈性十足，背部呈縱向。稜皮海龜從熱帶水域到亞北極地區的海洋都可以找到，通常在熱帶地區的海灘上產卵。

稜皮龜只吃水母，世界上很少有適合它們產卵的地方，其中之一之一是Jamursba Medi和Warmon海灘，它們位於坦布勞攝政區Abun區西巴布亞省鳥頭北。稜皮海龜有在世界各地“旅行”的習慣，以探索該半球的各個區域。

河口鱷魚

鱷魚是地球上最古老的動物之一。河口鱷魚或麩皮鱷魚（Crocodylus Porosus）是世界上最大的鱷魚物種之一，比尼羅河鱷魚（Crocodylus Niloticus）和美洲短吻鱷（Alligator Mississipiensis）大得多。在加里曼丹東部的桑加塔發現，身體長度包括尾巴在內可以達到12米。

鱷魚仍然與古老的爬行動物近親，鱷魚的始祖長約30米。然而，由於自然的影響，鱷魚的身體萎縮成了一條河口鱷魚。河口鱷魚可以從孟加拉灣（印度，斯里蘭卡和孟加拉國）到斐濟群島找到。除澳大利亞外，印度尼西亞是河口鱷魚最喜歡的棲息地。

穿山甲

穿山甲是古老的動物之一，在漸新世和中新世時期發現了幾種穿山甲化石。這些動物吃昆蟲，尤其是螞蟻和白蟻。他的毛髮被修飾成一種大鱗片，形成了一層層狀的護盾，作為保護的一種手段。如果被外界所影響，穿山甲就像球一樣滾動。

穿山甲生活在低地的熱帶雨林中，可以在東南亞找到。印度尼西亞的穿山甲被稱為Manis Javanica，出現在蘇門答臘，加里曼丹，爪哇和巴厘島的山區。儘管它們看起來像爬行動物，但它們被歸類為哺乳動物。現在在印度尼西亞，這種動物是受保護的動物。在佔碑省，穿山甲的數量仍然很普遍。