知情人士還披露，一位微軟女工程師在信件中表示，她曾與蓋茨保持多年性關係。在收到這封信後，2019年年末，董事會交由侓師事務所來對這件事進行調查。

調查期間，部分董事會成員認為就目前蓋茨的情況來說，蓋茨的一些行為，表明他已經不再適合擔任董事職務。蓋茨在調查結果出來、董事會對此事做出正式決議之前，選擇了辭職。

微軟發言人表示，2019年下半年，一名僱員向微軟反映了，比爾蓋茨想跟她建立親密關係這一困擾。在瞭解這一情況後，董事會成員聘請了微軟公司外部的律師事務，進行了較為徹底的研究和調查，併為女員工的生活和工作提供了保障。

比爾蓋茨發言人就此事作出迴應稱，“有一件事在20年前以友好的方式結束了”，在回答比爾蓋茨從董事會辭職的原因時，發言人表示蓋茨想要花更多的時間和精力在慈善基金會上，並非如傳言中那樣。

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蓋茨豪宅

2020年3月13日，蓋茨辭去董事會職位。蓋茨對外表示，他想要更加專注於慈善事業，但同時也會繼續擔任執行長薩蒂亞·納德拉的技術顧問。

5月初，蓋茨和他的妻子在推特釋出離婚宣告，宣告中表示“在對我們的關係進行了大量的思考和行動之後，我們已經決定結束我們的婚姻”，除此之外，宣告中沒有提及到更多離婚的原因。這對恩愛有加的夫妻離婚訊息一經放出，就衝上各大平臺的熱搜。

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但美媒相繼公佈了一些內幕，使蓋茨夫婦的離婚看起來並沒有離婚宣告所說的那麼簡單。

據知情人表示，早在兩年前，蓋茨就曾諮詢過離婚問題，並表示婚姻已經“不可挽回地破裂”了。相關人士證實，蓋茨自2019年起就與多家律師事務所保持著有關離婚案件的合作。

比爾及梅琳達·蓋茨基金會（Bill＆Melinda Gates Foundation）前僱員說，蓋茨女士從2013年起就一直很擔憂，比爾蓋茨與傑弗裡·愛潑斯坦之間的往來。儘管在2013年，蓋茨夫婦在與愛潑斯坦會面後，蓋茨女士表示和愛潑斯坦相處很不舒服，但蓋茨仍與愛潑斯坦保持聯絡。據悉，愛潑斯坦2003年受到性侵少女的指控，2019年因涉嫌與未成年少女性交易而再次被捕。2019年8月9日晚在監獄自殺身亡。

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蓋茨女士發言人表示，比爾蓋茨仍堅持2019年他在《華爾街日報》上發表的宣告，並拒絕談論更多有關此事的問題。蓋茨女士的發言人也沒有回答蓋茨女士申請離婚的原因的相關問題。