公雅寺位於兩座神山之中，據稱是大護法國扎(Kugyai)及扎達(Jadak)的聖地。寺廟歷史始於第七世大寶法王確札嘉措的時代。那時，第七世大寶法王噶瑪巴的弟子江扎桑傑巴增和薩當塔巴江欽依止上師努力修學，得到一定成就後，大寶法王就指示他們去尋找一座狀如刀形的山峰，要求他們在那裡興建道場利益眾生。大寶法王告訴弟子，那個地方是非常殊勝的，是觀世音的淨土。 這兩位弟子就遵照上師大寶法王的指示而找到了今天公雅寺的所在地，在這裡安住下來，並度化利益了廣大的牧民。

大伏藏師秋吉林巴亦曾指出寺院前後的兩座神山，既是觀世音的壇城，也是金剛亥母的聖地。在秋吉林巴祖師的傳記裡專門有記載在公雅寺所見到的淨觀景象:秋吉林巴大師看到在公雅寺上空現出釋迦牟尼佛，為賢劫千佛和八大菩薩等諸多菩薩所圍繞，發出無量的光芒。他見到此地諸佛菩薩雲集眷顧，未來也將有許多成就者為六道有情帶來無邊的利益。同時在公雅寺的上空，他見到歷世大寶法王的佛行事業，其中包括第十七世大寶法王噶瑪巴與泰錫度仁波切在一起心連心的預言景象。

距公雅寺約二十五分鐘車程，可抵達著名的蓮花生大士修法的聖地，藏名意為"百個神山之首"。信眾們相信繞匝神山一週的功德相當於唸誦一千萬遍蓮花生大士的心咒。(繞山一週約一個多小時。)

公雅寺是當地十大寺廟之一。寺院有桑傑丹增仁波切的轉世、班巴仁波切、巴金仁波切、白瑪仁波切、仁格仁波切等九位仁波切，歷史上湧現出許多成就者。今天的公雅寺包括兩座寺院、一個佛學院、兩個大經堂、三個閉關中心和兩座女尼庵堂。寺院現有三百多位喇嘛，兩百多位阿尼和一百多位小喇嘛。 舊經堂大殿是桑傑丹增老仁波切文革後歷盡艱辛重建起來的，而位於縣城的世界和平法會大經堂、公雅寺蓮師宮殿、阿尼左欽寺大殿、阿尼閉關中心等則是巴金仁波切秉承老仁波切悲願不辭勞苦陸續圓滿建成的。

2019年“噶舉毛蘭”世界和平祈願法會將於11月19日在玉樹州囊謙公雅寺舉行，法會為期五天。每年在囊謙縣香達鎮的體育場，數萬僧眾齊聚一堂，共同誦經持咒，迴向世界和平、風調雨順。