普陀山普濟寺有幅對聯：“五朝恩賜無雙地，四海尊崇第一山”。中國著名的佛教名山之所以成為名山，除了民間信仰的強大力量之外，與歷代皇帝的褒揚和扶持分不開。普陀山歷經唐、宋、元、明、清五朝，以其深厚的佛教文化氛圍、顯赫的佛教地位聞名於世。據《普陀山志》記載：中國歷史上共有13位帝王、19位皇后和親王為普陀山賜金、賜田、賜經等。其中，清朝康熙皇帝與普陀山的關係最為深厚，是歷朝帝王中對普陀山佛教興盛貢獻最大者。康熙曾六次南巡，雖沒有御駕親自到過普陀山，但每次都與普陀山取得聯絡，或接見高僧，御書匾額，賦詩談禪，或撥帑金，贈佛像，修殿宇……康熙皇帝敬佛興佛，給普陀山帶來福音，使普陀山佛教事業在清朝不斷髮展壯大，基本形成了普陀山的建築規模。
第一次南巡：“馳海禁，眾僧歸山”
第一次南巡：康熙二十三年（1684）九月二十八—十一月三十，帶給普陀山的福音，“馳海禁，眾僧歸山。”
清順治十四年(1657)正月,寧海大將軍伊爾德以舟山“不可守”為由，建議朝廷對舟山實行海禁徙民。於是查村搜嶴，見人就驅，將各島居民盡遷內地，僅少數人逃入深山。清光緒《定海廳志祖印寺》載：“舟山城垣盡毀，廢於一旦。”
據《浙江通志》記載，眀末清初時期，東南沿海一帶戰爭頻繁，普陀山也未能倖免。海禁、戰爭，以及患亂，給舟山帶來了災難性毀壞，普陀山自然也不例外。據《普陀山志記載》康熙四年（1665），荷蘭海盜侵佔山寺，洗劫普陀山，全山除普濟寺大殿外，其餘寺院均被毀。清康熙八年（１６６９），鎮海禪寺（後寺）因“海寇亂寺，又遭火災，寺院俱焚，唯存大殿塔頂” 。清康熙十年（１６７１），海疆不靖，督鎮遷僧內地。十四年，遊民失火，焚燒圓通、白衣、繡佛諸殿及左右廂房，普陀寺毀。
康熙皇帝平定三藩、收復臺灣後，清朝為鞏固政權而進行的大規模軍事戰爭宣告結束。南巡是皇帝一項重要的禮儀活動。為了促進南方經濟，安撫民心，加速國運昌隆。康熙二十三年（1684）九月康熙皇帝初次南巡啟鑾。
清康熙二十二年（1683年），臺灣平定後，巡撫趙士麟等曾上疏朝廷，“舟山是寧波樊籬，亟宜復展，設兵防守”，請移兵於舟山。康熙二十三年(1684)康熙第一次南巡，這年十月廿五日，頒“展海令”,下令解除海禁。於是“環宇一統，海不揚波”，各地百姓紛紛從內地遷返海島，來舟山定居生息，從事漁業農耕勞作。普陀山眾僧返山復業，再度展復。“弛海禁，僧眾歸山復業。”《普陀山志記載》：弛海禁，鼓勵對外通商，各國信徒“夢想名山久，因之駕海來”。康熙二十六年（1687）又敕建定海縣，普陀山也因“僧復故業”。
第二次南巡：賜金千兩，重建普濟寺大圓通殿
第二次南巡：康熙二十八年（1689）正月初八—三月十九，遇“老嫗者，傳菩薩示現也”，賜金千兩，重建普濟寺大圓通殿。
《普陀山山志》記載：清康熙二十八年春,聖駕自禹陵歸,御乘獨木龍頭小艇。一日,將至嘉興,過某橋,忽見老嫗,頭簪紅花,獨操小舟,直過御前。帝問:“何船?”答:“漁船。”帝又問:“有魚否?”嫗應:“有,欲買乎?”言訖,不顧而去,未知所往。定海總戎黃大來尾御舟行,見帝與老嫗語,驚疑之,急棹護衛,帝問何官,答:“臣定海總兵黃大來。”帝即從容問舟山近況,大來得乘間奏普陀荒廢事頗詳。次日,召大來入,發帑金千兩,建蓋普陀山寺。老嫗者，傳菩薩示現也。
此記載是康熙二十八年春，康熙皇帝第二次南巡遇到的奇事。正月康熙帝第二次南巡，臨閱河工。二月康熙帝抵達浙江紹興，祭大禹陵，親制祭文。三月康熙帝至南京謁明孝陵。
康熙從會稽山朝大禹後返還，御舟經過一橋時，只見一老婦人，頭插一朵紅花，獨駕小舟來到御舟前，神態自若，毫無避讓之意。見此奇事，康熙便令定海總兵黃大來上龍舟詢問舟山情況。黃大來向皇上彙報了自康熙二十三年來馳海禁的海防情況，同時詳細講述了普陀山觀音道場百廢待興等事項。晚上，康熙細想白天所遇的老婦人和黃大來所奏普陀山廢狀，感到好生奇怪，這奇異的老婦人定是觀音菩薩顯身。於是決定重建普濟寺大圓通殿。
從史書記載看，康熙二十八年（１６８９），康熙南巡到杭州，準定海總兵黃大來奏，御賜帑金重建殿宇。並派一等侍衛萬爾達、二等侍衛吳格、禮部掌印郎中持保齎金千兩，重建普陀寺大圓通殿。而且，康熙皇帝還動員眾民共種福田。聖旨雲：“朕不難獨建，正欲天下臣民 共種福田。”於是，文武官員“爭相崇奉，施者輻田”“傾囊者十方檀信”。二十九年，定海總兵藍理捐俸金千緡，購巨木修建寺院。三十一年，詹事府詹事高士奇捐資修建普陀寺大殿。
高士奇《敕建普濟禪寺記》：“二十八年春，翠華南巡，遣使頒帑金千兩，特命重修。維時總戎黃公大來，繼以藍公理，皆能奉上德意，崇信興創。遠近縉紳士民，亦各視其力來助。而潮音禪師，巨集闡宗風，仔肩厥事。於是殿堂樓閣，祠宇軒楹，起頹葺壞，稍稍就理。”
第三次南巡：賜御書
第三次南巡：康熙三十八年（1699）二月初五—五月初七，賜御書“普濟群靈”“潮音洞”“天花法雨”“梵音洞”，改寶陀寺為“普濟禪寺”、鎮海禪寺為“法雨禪寺”，將金陵故宮舊殿琉璃瓦等拆運普陀。
康熙三十八年（1699）二月康熙第三次南巡啟鑾，三月康熙帝閱黃河堤。駐杭州，閱兵較射。四月車駕駐江寧，閱兵。
康熙三十八年三月，御駕南巡到杭州，即派乾清宮太監、提督顧問行、內務府廣儲司郎中丁皁保、太監馬士恩，到山鼎建寺院。並傳旨：“山中乃朝廷香火，所有未完之工，以是帑金為之，務令天下臣民，共種福地”。
清康熙《南海普陀山志·頒賜》記載：三十八年三月，皇帝南巡，駐蹕杭州，命使進香齎御書，《金則經》二卷，帑金千兩，分兩寺。太后、六宮、公主各賜金有差。御念珠一串,藏佛一尊,香包一件,供大寺中宮。兩寺住持明怘、性統等迎駕謝恩至杭陛見。皇上各賜寺額,並“方丈”額、“潮音洞”、“梵音洞”額、御書米帖各一幅。”清乾隆《南海普陀山志·頒賜》載:三十八年三月,駕巡杭州,命使進香齎御書《金剛經》二卷,帑金千兩分賜兩寺。又御書“普濟群靈”及“潮音洞”額賜前寺,御書“天花法雨”及“梵音洞”額賜後寺。復御書“皓月禪心”之額,臨米單條一幅,賜普濟寺住持明怘。御書“修持淨業”之額,臨米單條一幅,賜法雨寺住持性統。復賜念珠一串供大士。又准奏請發金陵城內舊琉璃瓦12萬片蓋大殿。
古心名明怘，俗姓陸，上海人，得法於本山潮音和尚。清康熙三十八年（1699）為普陀寶陀寺住持，三月，康熙帝南巡到武林（今杭州），明怘專赴迎駕，帝御書“普濟禪寺”額、“皓月禪心”匾，並賜修建寺院帑金。回普陀後，聚眾賀喜。
別庵性統，俗姓龍，清康熙三十八年（1699）普陀山法雨寺住持，面見聖上，康熙御賜“天花法雨”、“修持淨業”諸匾額。此時，性統苦於建寺短缺琉璃瓦，於是奏請金陵皇城內舊琉璃瓦蓋造大殿。康熙當即聖允，施金千兩，恩准將金陵明朝故宮舊殿的琉璃瓦和頂樑結構拆運到普陀，修建佛殿，蓋建法雨寺前、後兩寺大殿。至今，法雨寺仍保留著皇家建築風格，九龍殿的盤龍鑿井高懸殿中，成為國寶級文物。
康熙“御書普濟群靈及潮音洞額,賜前寺”,“書天花法雨及梵音洞額賜後寺”,普濟禪寺與法雨禪寺由此定名。至此，普陀禪寺改為“普濟禪寺”（簡稱前寺），鎮海寺改為“法雨禪寺”（簡稱後寺）。
御書“普濟群靈”四字賜普濟寺，定海知縣繆燧精製匾額並護送到山，今懸掛大圓通殿中。御書“皓月禪心”今藏普陀山文物館。“修持淨業”匾額賜法雨寺住持性統，全匾塗純金，四周蟠龍護圍，至今光澤如初，現懸掛法雨禪寺內壇樓上。所制的“潮音洞”摩崖石刻在東南紫竹林庵外潮洞口東側。“御書梵音洞額，滇撫甘公國璧齎金在石臺上架二層房，上供菩薩，下為人士禮拜之地，雍正九年賜帑重修。昔日屢朝，皆睹靈像。”（高鶴年《普陀山遊訪記》）
康熙三十八年御臨米芾書“芾啟，此苗幕從輿衛於琅琊之間，為泉石之樂，恨不接遊跖也。滁天下佳山水，且少過客，諒稱高懷，正恐賜環在近，不能少彼留也，芾再啟。夏六月臨”五十七字，是否勒碑無考。
而乾清宮總管內官顧問行蒞山進香回京後，在古北門建南天門１座，題為“洛迦勝境”，供奉觀音。燕山信徒，以普陀山遙遠，難酬朝禮夙願，鹹以參謁“洛迦勝境”遙叩普陀。
第四次南巡：賜御書《心經》、額賜
第四次南巡：康熙四十二年（1703）一月十六—三月十五，賜御書《心經》，“大圓通殿”、“獅子窟”等額。
康熙四十二年(1703)康熙第四次南巡,駕巡杭州，命侍衛翁峨立、都統官保、內官首領王璋齎御書《心經》１卷，帑金５００兩賜前寺。皇長子直郡王進大士龍袍一襲,繡龍旛一對,銀百兩。宮眷金六十兩。
據清康熙《南海普陀山志·梵剎》記載：康熙四十二年，皇上派遣天使三員，在定海總兵官施陪同下，到普陀進香，法雨寺住持性統、普濟寺監院海安恭祝萬壽。接著隨同使者到杭州，見陛下，皇上問道：“我差人進香，汝等可知道麼”海安與性統回奏：“知道，因未見駕，不敢陪回”。皇上命令他們，一同隨駕至蘇州。在船上，皇上詢問海上及地方官府護持等事，海安一一回奏。隨行至蘇州織造府，次日傳旨進見。海安呈上潮音通旭禪師歷年祝聖語錄，並奏請御書大圓通殿、獅子窟及慈溪壽峰寺額。皇上還問及普濟寺前住持通旭和現住持心明。
海安復進新建普濟寺平面圖，康熙帝詳問至萬壽亭圖，海安奏道：“此係藍（理）總兵祝延聖壽，同高宗伯（士奇）、施（世驃）總兵、繆（燧）縣官、臣僧等鼎建。”遂再請宸翰，帝命將圖呈送東宮皇太子。皇太子書“青蓮喻法”四字賜兩寺。第二天，送駕至滸墅關口，傳旨雲：“御製宸翰，進京來領。”
普濟寺住持心明見陛下於蘇州，奏請御製碑文，以光勝剎。皇上叫心明到京恭請。隨後心明到京城，皇上賜“大圓通殿”四字額，又賜潮音和尚“獅子窟”三字額。東宮賜“青蓮喻法”四字額懸掛大殿。又黃龍緞袍一襲，又賜“壽峰”二字。
別庵性統隨駕至杭州，皇帝送別庵御書《心經》二部，御書《心經塔》一軸。還讓別庵一起到蘇州。當時天正下著雨，康熙以《蘇臺雨景》為題，要別庵賦五言律詩一首。別庵即口占成句，帝即御書賜之,復書“振宗禪寺”、“妙光”、“聖因”三額賜性統，分掛普陀、治平、徑山接待諸處，又書“添壽”二字賜性統母壽。
而今，“大圓通殿”額掛於普濟寺，“獅子窟”額掛於普濟方丈殿內，現存的一塊是根據康熙原墨真跡製成的。皇太子書“青蓮喻法”掛於普濟、法雨兩寺。
第五次南巡：“送制碑文”，再賜《心經》
第五次南巡：康熙四十四年（1705）二月初九—閏四月二十八，康熙命人“送制碑文”,賜《心經》。
康熙四十四年（1705）二月 康熙帝第五次南巡黃淮流域。三月駐蹕蘇州，命選江南、浙江舉、貢、生、監善書者入京修書。
康熙南巡仍不忘普陀山，康熙四十四年，“欽命鴻臚寺序班朱圭鐫刻御碑１塊，差浙江織造敖福合送至普陀。”此碑文即“清康熙普濟寺御碑”,植普濟寺萬壽御碑殿中,文革中已毀,現存為拓件重刻。
康熙四十四年四月，召見普濟、法雨住持心明、性統於蘇州，賜別庵性統御書《心經》２函、《心經》塔１軸，又賜普濟寺住持繹堂心明御書《心經》1函、《心經塔》1軸，定海總兵施世驃亦得御書。
第六次南巡：賜兩寺住持人蔘瓜果
第六次南巡：康熙四十六年（1707）正月十三—五月二十二書“旃檀林”，賜兩寺住持人蔘瓜果。
康熙四十六年（1707）正月康熙帝第六次南巡。檢視清河的地形、水位、流量，“觀覽民情，周知吏治”，仍“雖忘多景不忘普陀山”。
康熙帝最後一次南巡，駐蘇州。普濟住持心明、法雨住持別庵等陛見於無錫望亭，康熙以人蔘１斤及瓜果等物分賜兩寺，並書賜心明和尚“旃檀林”額。定海知縣繆燧，亦蒙賜御書黃庭堅詩一首。“梅檀林”現掛在息耒禪院大殿。
清康熙四十七年，《紅樓夢》作者曹雪芹之祖父——江寧織造曹寅、 杭州織造孫文成、蘇州織造李煦，奉康熙御旨，督辦齎送宮廷內造觀音像賜普陀山。
康熙六次南巡，接踵多次賜碑文、題額、幣金、佛像、寶印予普陀山。據史料記載，康熙御書普陀山寺院、僧侶及有關官員的匾額曾達二十多款。康熙曾多次御書匾額賜普濟、法雨兩寺及其方丈。現珍藏文物館的尚有“ 海月常輝”、“大圓通殿”、“獅子窟”、“旃檀林”等及御製《補陀洛迦山普濟寺碑文》。康熙與普陀山僧侶的關係也在山志上較為詳細的記載。