《使徒行者3》劇情錯綜複雜，跌宕起伏，跟前兩季的套路一樣，都是臥底和黑警鬥智鬥勇的戲碼，都想知道第三季裡黑警是誰？有人說是卓凱，因為有一幕畫面是卓凱拿著槍對著薛家強，而薛家強的身份是臥底，難道卓凱真是黑警？

三年前，卓凱替薛家強頂罪入獄，他在獄中結識金青社的雷超，刑滿出獄後，金青社的人找到了卓凱，希望他能加入，但被卓凱拒絕了，後來卓凱的妻子莫羨晴患肝硬化，必須做換肝手術，卓凱會不會為了救莫羨晴做出違揹人性的事呢？

《使徒行者3》還是以往的劇情設定，警隊裡少不了黑警，而黑幫裡少不了臥底，這就形成了黑警和臥底較量的局面。卓凱想讓薛家強迴歸警隊，可薛家強決定找出黑警後再回去，因為他親眼看到下屬朱倩被器官黑市的醫生挖掉所有器官，所以他要找出洩露訊息的黑警，為朱倩報仇。

韓建義是器官黑市的首腦，他能通過多種途徑搞到人體器官，其中警局裡也有他的合作者，到底出賣薛家強和朱倩的人是誰？

與韓建義同流合汙的人是商罪科警司範曉華，她是內部調查科警司任尚宇的妻子，夫妻倆都在警局任職，但是任尚宇有心臟病，需要心臟移植，所以範曉華就聯絡到了韓建義。

範曉華是黑警，保安局首席調查人員韋作榮也是反派，他的真實身份是魏德禮，為了給哥哥報仇，魏德禮冒名頂替韋作榮，一直為黑幫做事。據悉薛家強的下線臥底竇亞希是一名臥底，她真名叫吳安心，丈夫是魏德禮，這只是網友爆料的，並沒有證實。另外卓凱不是黑警，他拿槍指著薛家強應該是有其他原因。