太平軍在南京建立根據地後，依仗長江的天險，京都的富饒，在一定程度上和當時的清政府劃江而治。而另一隻由張洛行率領的捻軍也在清政府的北京揭竿而起。

一、南北夾擊的清政府

洪秀全率領的太平軍和張洛行率領的捻軍幾乎形成了南北夾擊之勢，使得當時清政府腹背受敵。雪上加霜的是，英法聯軍在這時候也來了。當時的清政府不得不暫時擱置民族內部矛盾，一致對外。但即使這樣，依舊被英法聯軍打得潰不成軍。

咸豐皇帝在英法聯軍入侵中掛掉了，無奈的清政府只得簽訂屈辱條約，割地賠款。隨著英法聯軍的退兵，清政府開始騰出精力對賬南北起義軍。

此時清政府的實際掌權人已經是慈禧了，作為咸豐皇帝的老婆，此時的慈禧還是展現出了自己卓越的政治前瞻。

二、無兵可用的清政府，曾國藩、袁甲三的強勢崛起

英法聯軍退兵後，當時的清政府幾乎到了無將可用的地步。造成這一點的根本原因還在於滿漢之別

大清王朝入關後，為鞏固自己的滿人地位，但漢族進行了血腥的佔壓。可當時漢人的基數是在太大，滿漢的人員對比居然達到了恐怖的一百萬對一億五千萬。這是何等的差距，當時的清政府在各方面壓制漢族，大清王朝的官員中幾乎很難看到漢朝官員，更別提領軍的漢朝將領了。在加上當時滿軍八旗，蒙古八旗的腐敗。導致大清王朝在軍事上幾乎沒有拿得出去的領軍將領。

慈禧此時展現了自己卓越的政治前瞻，在朝堂上力排眾議，獨斷獨裁，重用了漢人曾國藩。當時的曾國藩已經43歲，曾國藩在最初與太平天國的戰鬥中並未佔據優勢，甚至可以說是屢戰屢敗，但韌性十足的曾國藩彷彿打不死的小強，依舊屢敗屢戰，終於拿下了安慶，拿下安慶後，太平軍西線門戶大開。

隨著安慶大捷的喜訊，慈禧任命曾國藩為欽差大臣，總領江南四省，這可是相當於將大清朝的江南半壁江山交給曾國藩，如此委以重任，另曾國藩感動不已。士為知己四死，此時的曾國藩，開始嶄露頭角。

另一個被重用的漢人是袁甲三，袁甲三與曾國藩一樣，是咸豐時期的元老大臣，並且袁甲三還是曾國藩的師兄。於是這對師兄弟一南一北，分別剿滅太平軍和捻軍，清政府也終於在這兩位帥才的帶領下在內部鬥爭中逐漸佔據了優勢。