前言
光緒十五年初，雖然慈禧太后歸政於光緒帝，而歸政條款的規定，很多方面延續了垂簾聽政時的做法。光緒二十四年（１８９８）八月，戊戌政變發生，慈禧太后重出訓政，這是慈禧太后第三次聽政，只是不再垂簾，而是與皇帝並坐。
慈禧太后訓政時，軍機處大致承繼歸政後的職權。以下簡要闡述光緒十五年至光緒三十四年（１８８９—１９０８）軍機處職權狀況。對於內外臣工的摺奏，光緒十五年後，雖然大多是光緒帝親自硃批（戊戌政變後是光緒帝秉承慈禧太后意旨硃批），但有時仍然交由軍機大臣預先擬旨。
如光緒二十六年（１９００）閏八月初七日，軍機處遞奏片稱：“蒙發下折件，臣等公同閱看，謹擬批條呈覽，恭候硃批發下。長庚折一件、片二件，許應騤片一件，文治折一件、片一件，榮銓折一件，均請留中。”可見，本日折件，慈禧太后、光緒帝交由軍機處預擬旨意，然後由光緒帝硃批。
又據光緒末年軍機大臣瞿鴻禨（瞿氏在光緒二十七年至三十三年擔任軍機大臣）記載：“兩宮每日辦事，內外各折不下數十件，多時至百餘件，外折皆前一日遞入，兩宮覽畢，有皇上即時硃批者，有留下未批者，均發下樞臣閱看，謂之早事。
同列閱畢，先將硃批各折發交章京分別記檔，其留下未批者，或酌擬批旨盛匣，夾奏單聲明幾件恭請硃批發下，亦由南書房太監交內奏事太監遞進，其應請旨辦理者，則於入對面呈，謂之見面帶上。”其中，軍機處對“未批”折件“酌擬批旨”，即是預擬旨意。這與光緒十三年、十四年皇帝親政、太后訓政時的情況是一樣的。
至於京內折件，光緒十五年後軍機處雖然不再預先擬旨，但也獲得了對京內折件第一時間的知曉權。據瞿鴻禨記載：“每日各衙門摺奏謂之內折，兩宮覽畢，由內奏事首領太監跪領口傳諭旨或曰知道了或曰依議，其有請旨圈派者或曰圈出，有候旨者則曰留，首領太監捧各折匣至軍機處，每啟一匣，傳旨一遍，樞臣均在旁恭聆，應接閱者則取閱之，事多時促，亦不能遍及也。
傳旨訖，仍由首領太監捧至內奏事處記檔，章京亦同往記檔，交外奏事處傳旨發出。其傳留者則樞臣見面帶上，請旨遵行。”可見，當日京內折件，軍機大臣能在第一時間知曉旨意，而且必要情況下，還可以閱看折件具體內容。
再如秋審黃冊的處置，從光緒十五年歸政後直至光緒末期，仍然延續垂簾之制，軍機處始終深度參與。如光緒二十一年（１８９５）九月十八日，軍機處奏稱：“蒙發下四川等省勾到本內，甘肅省斬犯王尕受一名，本日據楊昌濬奏到，本年六月間河州監犯馬本個等反獄，王尕受守法不從，並因聲喊致被毆傷，請將原犯罪名減一等定擬，等語。臣等公同商酌，擬請旨將王尕受一名暫行免勾，飭下刑部核議具奏。”
由此奏可知，此時勾到黃冊仍然發交軍機處審核，軍機處根據最新狀況擬旨免勾。又據瞿鴻禨記載：“朝審勾到黃冊，內閣請旨定期約分數日，樞臣於前一日入對時，將某省朝審冊捧上，陳於御案，另有奏片照部擬將某犯罪名情節之可矜緩者分別擬旨，一擬予勾，一擬免勾，帶匣一併面呈兩宮鑑核，
每將免勾之旨留下，其予勾一道皇上即時撕破。次日將免勾之旨隨黃冊發下，大學士暨刑部堂官（今改法部）偕至軍機處門外，樞臣捧出交領。”可見，光緒末年，秋審黃冊勾到仍由軍機大臣預先擬旨，再由兩宮決定。
光緒中後期，軍機處在人事任命中依然有巨大的影響力。查閱光緒十五年至光緒二十四年的相關檔案，未有軍機處呈遞空名諭旨之事。可見，光緒十五年以後簡放官員仍由軍機處進單請點，並未恢復繕寫空名諭旨的舊制。
戊戌政變後，慈禧太后重出訓政，此時簡放各缺依然是軍機開單，召見時決定人選。據瞿鴻禨記載：“樞臣每日入對，將內外折件之應請旨者、官缺之應請補署、差使之應請點派者均開缺目名單，匯為一匣，事多則分兩匣……承旨單如有差缺請簡派則接遞缺目及名單，陳明請旨，硃筆圈出交下後，或上有垂詢或下有陳說，奏對終，命退，然後退。”應補署官缺，應請點差使，主要就是在兩宮召見軍機大臣時決定的。
而在召見決定官員人選時，軍機大臣往往可以提出建議，舉薦候選名單中的某位官員，這成為官員任免的重要因素。如光緒二十六年京察，“薄有清望”的湖北籍人士順天府丞高燮曾、通政司參議張仲炘不知何故奉旨休致，京城官員“謂樞府不能力爭”，首席軍機大臣榮祿“頗為清議所不滿”。
正好順天府丞出缺，“例由內閣侍讀學士及五品京堂共列入題本內敘補，名曰正本；另諮取都察院四科八道銜名，列為副本，一併請簡”。當時，正本候選諸人只剩內閣侍讀學士陳夔龍還有資格，按序應升授。
陳夔龍是榮祿親信，願意將府丞讓與“鄂籍科道中雅負物望”的京畿道御史胡孚宸，以為榮祿挽回清議：“如胡孚宸硃筆圈出，楚弓楚得，匪特慰鄂人望澤之心，並可杜諫院多言之口。”於是，當請簡時，“文忠（按，即榮祿）面請以胡孚宸升授”。
由此可見，軍機大臣可以推薦人選。不過，因有工科給事中王培佑“日前因事召見，奏言拳民忠勇可用，頗蒙記注”，慈禧太后和光緒帝“忽見其名，謂此人甚好”，就欽定以王培佑補授順天府丞。
又如光緒三十三年兩廣總督出缺，軍機處原先擬奏請以陳夔龍補授，但“鹿文端倡言謂豫撫張安圃中丞曾任廣東撫藩，熟悉地方情形，遂邀簡任”。由於軍機大臣鹿傳霖的舉薦，張人駿遂獲簡兩廣總督。從中也可見軍機處對於官員任命的重大影響力。各省密考折片單，在光緒十五年後仍然交由軍機大臣處理。
翁同龢對此多有記載：光緒二十二年（１８９６）四月初三日，“是日考核各省密考單（應引見者五人，應察看者二人）。餘寫名單二分面遞，辰正二刻散”；光緒二十三年（１８９７）正月十二日，“外折有三處密考，分手寫之，頗忙”；正月十五日，“入時早四刻，寫密考甚忙”；
四月初九日，“發下密考折單，後日繳……對密考，辰正三刻與子密（按，軍機大臣錢應溥）偕出”；十月十九日，“是日吏部帶廣西思恩府周天霖，檢查廿一年密考，督稱廉明，撫稱操守難信，有旨令黃槐森、許振禕查奏，同堂有右之者，邸（按，恭親王奕）意不平，故有此舉”。
日記中提及寫密考，應是抄寫彙集。這些密考都由軍機大臣親自抄寫，不假軍機章京之手，原件則繳回內廷。正因為軍機處抄錄了密考單，所以光緒二十三年廣西思恩府知府周天霖被引見後（周天霖於光緒二十二年四月初三日奉旨開缺，送部引見），軍機處能夠核對光緒二十一年的密考單，發現兩廣總督與廣西巡撫對其考語不同，因而令再查看。
光緒二十四年八月慈禧太后重出訓政後，密考單仍發下交由軍機大臣處理。據瞿鴻禨記載：“樞廷一切折單，皆由章京繕寫，惟二事必堂上自書。一考差單……一督撫所奏年終密考單，每到一省，上披覽後發下，樞臣即另紙照錄，固封存堂，旋將原單粘一黃籤，寫某年某省某人密考單，即日帶上面呈。
俟各省到齊，再將考語不佳者匯開一單，中有應調、應開缺及應察看之員，分別請旨辦理。”每年各省密考折到齊後，軍機大臣即將考語不佳者集中匯錄，請旨懲辦。清末時軍機大臣長期參與年終密考折片單的處理，以致時人認為年終密考“向例由軍機大臣資望在先者呈覽”，並由資望較深的軍機大臣抄錄。
雖然軍機處在乾隆年間已偶爾奉命直接批答奏摺，但由軍機處預擬旨意全面處理發下奏摺，其實是非常時期的非常之制。咸豐十一年六月二十六日，病篤的咸豐皇帝因無力親自處理奏摺，下令御前大臣載垣、景壽、肅順會同軍機大臣共同閱看發下折報，分別擬定應批及應繕諭旨，夾籤進呈。載垣等人閱折後，擬定奏摺籤條，並呈遞奏片彙報折報處理的總體情況。
這一奏報處理模式一直持續至當年七月十六日，即咸豐帝逝世的前一天。同樣，光緒三十四年十月十九日至二十二日，當光緒帝、慈禧太后病重之際，軍機處亦是將外省電奏擬旨、折件“遵旨擬批”，京內折件亦“遵擬傳旨”。軍機大臣鹿傳霖在十月二十二日的日記記載，“內外折仍照前三日奏擬進呈，交下攝政王代批”。作為一種非常之制而在垂簾聽政時長期施行，表明軍機處被賦予了非常之權。
總之，垂簾聽政期間，軍機處職權雖然大為擴張，擴大了參與政務的範圍，但並未對皇權形成實質性威脅。這一方面是由於皇太后並未完全喪失信息壟斷權與信息處理主動權，再則軍機處的擬旨仍需得到皇太后的審核與認可，尤其是高級官員的任命，皇太后具有決斷權，當皇太后有屬意人選時，軍機大臣是不太可能違抗的。
不過，垂簾聽政期間，雖然慈禧太后精於權術，御下有方，也有能力把持最高決策權，但畢竟執政閱歷欠缺、政治經驗不足，加之男女之防，其對軍機處的依賴甚深。由此，軍機處獲得了更多的職權。自垂簾體制確立至同治四年恭親王奕被剝奪議政王頭銜，這一時段軍機處權力最大，有學者稱之為太后與恭親王的“準平等的合作”。
此後，奕議政王頭銜被奪，但仍然是軍機首席，其他軍機大臣人員依舊。同治帝短暫親政後早逝，光緒帝幼年繼位，兩宮皇太后再次垂簾聽政，軍機處仍然是以恭親王為首的班底。
直至光緒十年甲申政變，以恭親王為首的軍機大臣全班去職，禮親王世鐸等繼任，由醇親王奕幕後主持，孫毓汶為核心。總之，在垂簾聽政期間，雖然軍機大臣人員有變更，皇太后的信任程度有別，但是軍機大臣的職能基本維持穩定，權力巨大。