以免疫檢查點為靶點的腫瘤免疫治療在多種癌症型別中表現出了顯著的療效。然而，由於腫瘤微環境的異質性，只有少數患者對治療有反應。單細胞RNA-Seq技術的進展使腫瘤免疫系統的異質性得到了全面的表徵，但在整合和利用大量已發表的資料集以指導免疫治療方面依然存在較大的挑戰。

近日同濟大學王晨飛、張帆教授以及華西口腔醫院李太文教授課題組在國際著名期刊《Nucleic Acids Research》發表了資料庫工具——TISCH。該資料庫共收集了來自27種腫瘤的79套高質量的腫瘤單細胞轉錄組資料以及相應的病人資訊。此外，TISCH還收集了3套健康人群的外周血單核細胞資料，方便大家對照和了解正常免疫細胞的基因表達水平。

資料庫網址為：http://tisch.comp-genomics.org/home/

為了幫助大家瞭解這個資料庫，下面本工來給大家做個介紹。

主頁介紹

進入主頁後大家可以看到在上面的紅色方框中有兩個重要模組“Dataset”和“Gene”。中間的紅色方框為快速搜尋框，大家可以直接在這裡輸入基因進行搜尋。下面的紅色方框為TISCH所囊括的疾病，括號內為資料集數目。

我們以中間的快速搜尋為例，輸入“MCPH1”，然後會跳轉出如下介面，提供多個引數，包括基因名、細胞型別註釋、腫瘤型別、資料集中的細胞型別。

我們以乳腺癌（BRCA）為例，可以看到網站會用熱圖來展示MCPH1在不同乳腺癌資料集中的不同細胞型別中的表達量。

當然網站還提供提琴圖來展示表達量，不過似乎不太好看，還是上面的好。

Dataset模組

在這一部分，TISCH提供meta資訊、細胞型別註釋、表達資料視覺化、差異表達、GSEA分析。大家可以在下圖的選項中篩選資料，也直接在下面展示的列表中勾選。篩選資料的選項包括腫瘤型別、細胞型別、物種、是否有治療（無治療、化療、免疫治療、靶向治療）、原發/轉移腫瘤。

然後還有不同細胞型別的統計，左邊為所有病人的細胞型別分佈餅圖，右邊為每個病人的細胞型別百分比堆疊圖。

然後展示了每個cluster的top差異基因，大家可以在選項卡里進行搜尋或者選擇。

Gene模組

在“Gene”這個功能裡，大家可以在“Individual gene exploration”裡輸入基因名，也可以在“Gene signature exploration”裡上傳提交。然後網頁會展示不同基因在不同細胞型別中的表達，還有基因在不同分組下不同細胞中的表達。“Grouped by”的選項裡包括性別、病人、樣本、分期、細胞亞型等等因素供大家比較分析。

在“GSEA”小功能裡，會展示在不同型別的細胞中上調的基因集和下調的基因集（就問下圖顏值高不高！），大家可以在上面的選項中選擇KEGG、Hallmark、GO等資料庫的基因集進行分析和展示。

關於資料庫的介紹就到這裡了，單細胞作為近年來出現的新熱點，一直被大家所關注。大家在研究的過程中如果遇到感興趣或者結果不錯的基因也可以放進來看一看，可能和免疫扯上關係，然後就開啟了新大門。最後希望TISCH資料庫能幫到大家，祝大家都有收穫！

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