rAAV 基因治療載體的工具正在迅速發展。新的 rAAV 衣殼，生產平臺，(短)啟動子，穩定內含子，和多腺苷酸序列正在不斷髮展，論文和專利在湧現。然而，許多論文並沒有充分描述rAAV病毒載體上的元素(起始複製子，選擇標記)。大量的不良描述使得公平的比較非常困難。眼科缺乏大規模的 rAAV 元素比較研究，但最近的研究表明的初步結論有：

1. 使用酪氨酸突變的 rAAV2衣殼(AAV2-tYF; AAV2-7m8)增加視網膜穿透和感染，可能取代野生型衣殼。

2. 強病毒啟動子 CAG 在 RPE 中可以維持轉基因多年表達而不被沉默。

3. 轉基因表達水平在健康與疾病狀態不同時，更傾向於本源啟動子。

4. 一般來說，在體內/體外/離體模型中，以及跨物種的模型中，啟動子的差異很大。

5. 誘導型啟動子(核糖開關和無活性cas9)為控制蛋白質表達提供了機會。

6. 基因相同(同源/直系同源或合成)和小基因補充療法可能規避細胞免疫原性。

7. rAAV 生產細胞系和生產細胞系相關的雜質可影響目標組織的轉導效率。

8. rAAV的反向末端重複序列是高產的必要條件，但不是高效轉基因表達的先決條件。

9. rAAV 載體的基因組整合和基因組整合的潛在細胞毒性作用在視網膜組織中還沒有得到充分的研究。

10. rAAV 感染途徑可因選培養基組成、培養技術/方案和目標組織的生長狀態的不同而有很大的不同。

11. 疾病狀態非常影響視網膜 rAAV載體的穿透、效力和向性。