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本工最近發現武漢科技大學鄧文生教授課題組於今年8月在生物資訊學領域國際著名期刊《Briefings in Bioinformatics》發表了另一款與腫瘤相關的lncRNA資料庫:LncR2metasta,資料庫網址為http://lncr2metasta.wchoda.com。該資料庫共收集了在54個腫瘤型別中,304個lncRNA與39個腫瘤轉移事件的1283個關聯。

下面本工來給大家介紹安利一下這個資料庫。

進入主頁後,大家可以看到一個樸素的頁面,上面紅色的方框裡表示網站的主要功能模組,下面的紅色方框可提醒大家如果資料庫幫到了你的研究,請記得引用他們哦。

在Browse模組,大家可以在左邊的欄目裡看到兩個父集——LncRNA和Cancer metastatic event,就是說大家可以直接在LncRNA的選項裡尋找感興趣的目標lncRNA,也可以在Cancer metastatic event根據腫瘤轉移的相關事件來尋找lncRNA。如下圖所展示,就有一些跟腫瘤從乳腺轉移到腦和骨(Breast-Bone,Breast-Brain)相關的lncRNA。

下面的部分,則會展示lncRNA與轉移相關的不同功能,如“Cancer cell invasion”、“Cancer cell migration”、“Cancer cell proliferation”,還有所研究的腫瘤型別、lncRNA的角色、以及參考文獻的ID。

如果大家點選藍色的“Cancer cell invasion”、“Cancer cell migration”、“Cancer cell proliferation”字型,則會跳轉出如下介面,展示包括lncRNA的實驗方法、表達模式、實驗方法、靶向的基因或通路,還有該功能在文獻中的描述。

當我們以“Cancer metastatic event”模式瀏覽時,則可以在每一個對應的事件裡查詢相關的資料和結果,例如下圖中的“Breast-Lung”,就表示“腫瘤原發於乳腺,轉移到肺部”這樣一個事件,參與這一事件的lncRNA有ANCR和BCAR4。

Search模組,資料庫提供了三個引數進行選擇和輸入來幫助大家搜尋結果,包括“Cancer metastatic event”、“LncRNA symbol, ID or location”型別和具體的名稱。

當然,如果你想要自己下載資料進行篩選的話,資料庫也是支援的!

在Download介面,有兩個選項可以選擇,使用者可以框定範圍,也可以選擇All。

關於這個資料庫的介紹就到這裡了,大家在研究過程中碰到了一個lncRNA,想知道它和轉移有沒有關係,可以來這裡搜搜看看,很是方便。

另外,對於那些想灌灌水的同學,也是有幫助的。酸菜老師說過“要麼篩,要麼猜”,一個lncRNA在這個腫瘤裡可以促進轉移,在另外一個腫瘤裡是不是也有這個功能呢?也不是沒有這個可能,如果再把實驗做好了,邏輯完整了,也能發好文章的。

今天就和大家嘮叨到這裡了,祝大家都有收穫!

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