應該是有差別的，如果是一樣的，就太可怕了。當然，這種差別不是結構組成上的差別，而是物質特殊性（個體獨立性）的差異或表現，歸根到底是物性（客觀實在性）的表現。用量子力學解釋就是“不確定性”。宇宙中絕不會存在完全相同的兩個東西（包括基本粒子），因為宇宙沒有任何理由產生兩個以上完全相同的東西。如果產生了，就失去了作為物的獨立性；如果產生了，無論兩個相距多遠，必會合二為一，這很類似量子糾纏。

十八九世紀大行其道的機械論原子論最終以失敗告終的原因

就是因為他們簡單地把自然看成是一個在運動中的、完全受制於物理學和化學規律的客觀存在的體系。自然界的每一個東西、每一個事物都是由原子構成（道爾頓時代的原子論認為原子是構成物質的最小單位，並不知道原子由中子、質子和電子構成），原子雖然有很多種，但是同一種原子是完全相同的，這種觀點看法和題目疑問的“構成原子核的質子無差別的嗎”如出一轍。實際上自然界不是這樣簡單地堆積，

這樣是不會產生意識的

上述觀點現已被證明並不適於用以說明活著的有機物及其關係，當然更不適用於人的大腦意識的產生。所以有很多人不理解：與組成木頭相同的質子、中子和電子組成的人和大腦為什麼就有意識了？

木頭卻沒有意識

這說明這些粒子雖然是同一種類（比如說都是質子），但每一個體是獨立的、與其它不一樣的存在。正是這些區別以及它們的不同組合才最終使之成為智慧體，這些“細微區別”就是附著在質子和電子等粒子上面的、目前我們並沒有掌握的東西，這是些類似遺傳物質DNA上的密碼資訊。

這也解釋了世界的多樣性：

為什麼這幾種基本粒子（比如夸克電子）有時要組成這種元素？有時又要組成另一種元素？為什麼要這幾種元素組合成這種物質，而不是要那幾種元素組合成那種物質？為什麼有客觀規律？客觀規律由什麼決定？等等等等。也許有人把它解釋為隨機不確定性，解釋為世界並不遵循因果律，這樣一來就是否定了客觀規律的存在。而從另一個角度講，這何嘗不是對不確定性原理的有力解釋，世界萬事萬物都在嚴格遵守體現物性的因果律。

由上分析可見，我們今後科學的發展方向應該就是對這些個體差異的研究上，也許會使科學和生活都發生質的飛躍。