本次分享一下基因家族的生信發文思路，文章發表在Cancer Medicine 上，影響因子：3.491，中科院分割槽：三區。作者分析了exostosin蛋白家族的兩個基因：EXT1和EXT2 ，主要進行表達水平的差異分析、功能分析、預後分析，最後發現只有EXT1可以成為具有預後價值的biomaker。

文章題目：Exostosin1 as a novel prognostic and predictive biomarker for squamous cell lung carcinoma: A study based on bioinformatics analysis

分析思路：

1、登陸Oncomine資料庫和UALCAN資料進行差異分析，發現EXT1和EXT2在LUSC組織出現高表達（vs normal），並且根據臨床特徵進行相關分析具體結果如下圖：

2、登陸CELL資料庫進行檢視細胞系的表達水平，並且進行qPCR驗證，發現EXT1和EXT2在細胞系的表達也是比較高的，然後進行WB實驗分析蛋白表達水平，同樣得到驗證（利用以前的實驗結果驗證），結果如下：

3、登陸GEPIA資料庫進行預後分析，根據生存曲線的結果，發現只有EXT1具有預後價值

4、對EXT1進行共表達分析，尋找相關的共表達基因，並且對共表達基因進行GO、KEGG、PPI分析，結果如下：

5、尋找EXT1上游的miRNA,利用ENCORI 資料庫進行預測，將得到的miRNA構建網路，差異分析，生存分析

總結：

1、本文分析思路簡單明瞭、操作非常簡單，基本都是利用點點就可以出結果的資料進行操作（Onomine、UALCAN、GEPIA、CELL資料庫），所以文章的圖片非常一般。

2、雖然補充了實驗進行驗證，但是都是簡單的驗證，而且還是幾年前的實驗結果，這樣就大大降低文章的花費成本，可以說是零成本。

3、本文最難的地方就是如何發現這個值得研究的基因家族，可能是源於作者以前的研究基礎，或者透過閱讀文獻發現的...

4、如果想將文章深度加深，則可以嘗試研究EXT1的作用機理，這就要意味花費更多的時間、科研經費、精力。