幾年前，這種下載GEO資料～差異分析～功能分析（GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析）～篩選hub基因～hub基因進行生存分析的生信發文套路非常火爆，文章相對比較好發。不過好景不長，這種文章現在非常難發了（並不代表不能發，資料結果漂亮的仍然有期刊會接收），因為這種套路實在太簡單，基本上接觸過生信資料探勘的人都掌握了，除了那些還沒有接觸過生信的人。不過，2020年12月11日有期刊出版了這種文章，該期刊就是：Medicine，影響因子：1.552，江湖所稱的“四大神刊”之一，發文量驚人，有些單位已經將該期刊列入黑名單。

文章題目：Screening and identification of key genes between liver hepatocellular carcinoma (LIHC) and cholangiocarcinoma (CHOL) by bioinformatic analysis

分析思路：

1、從GEO資料庫搜尋相關資料，一共找到三套資料，分別下載整理進行差異分析

2、對三套資料分析得到的差異基因取交集，一共得到170個差異基因

3、將上述得到的170個差異基因進行GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析

4、篩選出10個hub基因

5、利用GEPIA資料庫驗證這10個hub基因的表達水平，並且進行生存分析，發現具有預後價值的只有APOA2和ITIH2這兩個基因

根據上面的分析內容，的確是操作比較簡單，一個比較熟練的人估計30分鐘到一個小時內就可以完成上面這些分析內容，大概2-3天就可以把文章搞出來。也許會有人說：“這種文章就是用來灌水的，像這種期刊都進了黑名單，發來能有什麼用處，還好意思發的”。上面的說法的確有一定的道理，但是要分開討論。

對於國內名列前茅的大型三甲醫院和名校，估計發種期刊並沒有什麼用，因為都進了黑名單；但是對於一些普通醫院和高校，像發表這種期刊人家就可以用來畢業，用來評職稱。單位不同，科研經費等資源就不同，所發表文章的質量自然不同，不能一概而論。起碼這篇文章作者所在單位應該是承認這個期刊的，要是不承認估計作者也不會發表，畢竟還要給版面費的。

其實上面這篇文章還是有很大的提升空間。如果你有科研經費，可以對APOA2和ITIH2進行相關實驗驗證，也可以嘗試探索作用機理。如果你沒有科研經費也沒有關係，我們可以利用TCGA資料庫的資料進行驗證，並且可以結合臨床資料構建模型等一系列分析，也可以結合免疫評分等熱點進行分析。