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這裡主要介紹一些最近發現的比較新的lncRNA研究相關的資料庫,給曾經被引導到這個研究方向的,並且準備一條道走到黑的科研狗提供些許的幫助吧!

一、Lnc2Cnacer 2.0

這個版本是2018年就釋出的(如上圖),相關使用方法和說明可以去文章Lnc2Cancer v2.0: updated database of experimentally supported long non-coding RNAs in human cancers中瞭解。該軟體主要可以查詢lncRNA在不同癌症中的表達模式、耐藥以及診斷等方面的資訊。

軟體連結:http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/index.html

二、RegRNA2.0

這個線上軟體其實不算很新,其功能主要是預測RNA功能性Motif,以及相應的很多其他功能,我主要用了預測RNA結合蛋白的功能。其他的功能使用尚不熟悉,大家可以參考這個文章:RegRNA2.0: 解決lncRNA從哪裡來,到哪裡去的問題。

家裡移動寬頻神坑,打不開官網連結,就不展示了。總之會出現以下的二級結構預測圖:

軟體連結:http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/detection.html

三、LongTarget

2015年公佈的一款預測lncRNA與DNA互作的國產軟體。關於其詳細用法,暫時講解的還不多,大家去看看上面的文章或者用了這個軟體的一個高分文章,自我摸索一番:

Li et al. H19 induces abdominal aortic aneurysm development and progression. Circulation, 2018, 138(15): 1551-1568.

軟體連結:http://lncrna.smu.edu.cn/show/DNATriplex

四、lncATLAS

這是2017年釋出的一個基於RNA測序結果的lncRNA亞細胞定位公共資料庫,這裡面主要是人源的一些細胞,但是仍然不是非常全面,如下面的這個查詢結果:

軟體連結:http://lncatlas.crg.eu/

五、lncLocator

對於查不到亞細胞定位的lncRNA,可以用上海交大2018年開發出的這款預測lncRNA亞細胞定位的工具lncLocator。這會給大家提供一些有力的依據,操作方面也極其簡單。

按示例序列提交得到的結果如下:

軟體連結:http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/

六、NONCODE (current version v5.0)

NONCODE這個資料庫是非常經典的lncRNA資料庫了,目前這個5.0版是2018年釋出的,也是最新版的了。更多資訊,請檢視下面幾篇文章: NONCODE:綜合性的lncRNA資料庫 NONCODE資料庫使用指南|一款好用的lncRNA資料庫 NONCODEV5強勢來襲——一款全面的ncRNAs註釋資料庫

資料庫連結:http://www.noncode.org

七、exoRBase

該資料庫是2018年公佈的,為什麼要提它,因為它裡面也有lncRNA。該資料庫囊括了正常人和不同疾病患者血液外泌體中lncRNA、cirRNA和mRNA的水平差異。

搜H19得到的結果示例如下:

資料庫連線:http://www.exorbase.org/

其他還有什麼好用的新款lncRNA相關軟體,大家也可以給我推薦一下,將來有空了摸索摸索再分享出去!

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