人類基因組DNA核苷酸序列中約93%能被轉錄為RNA,其中僅2%的轉錄產物被翻譯為蛋白質, 餘下98%屬於非編碼RNA(ncRNA)。 隨著microRNA的研究進展,揭示了ncRNA在人類基因轉錄後調節、細胞生長、分化、增殖中起著相當重要的作用。ncRNA的研究熱度最高的主要是microRNA、circRNA、lncRNA。近年來,越來越多科研學者投身非編碼RNA的研究中,且碩果累累,以下是自2018年以來各種非編碼RNA相關的文章發表數目和國自然基金數目:
研究非編碼RNA功能的方法有哪些?該如何選擇?對非編碼RNA的研究,可以從功能獲得性和功能缺失性進行驗證。過表達、RNA模擬物、RNA激動劑可以進行功能獲得性驗證。對於功能缺失性研究,目前常用的方法有RNAi、RNA抑制劑、拮抗劑、反義寡核苷酸(ASO)、啟動子敲除、基因敲除等。1)RNAi沉默非編碼RNA的效果較差,甚至無法干擾某些circRNA和lncRNA。因為RNA干擾在轉錄後水平起作用的,也就是說RNA要被幹擾就要定位在胞漿中,但是,lncRNA是選擇性分佈在核內和胞質中的,circRNA也有部分定位在細胞核中。因此,傳統用於mRNA功能缺失研究的siRNA和shRNA工具不適合lncRNA和circRNA功能缺失性研究。此外,RNAi的脫靶效率極高,容易造成對RNA功能的誤判。2)RNA抑制劑、拮抗劑由於活性和穩定性的限制,不易透過細胞膜。此外,這兩種方法主要應用於microRNA的研究,均無法應用在circRNA和lncRNA研究中。3)ASO無法完全阻止RNA轉錄和在DNA層面干擾表達。此外,使用ASO方法無法獲得穩轉株。CRISPR/Cas9介導的基因敲除可以完美避開上述所有弱點!基因敲除、啟動子敲除在DNA層面完全阻止RNA的表達,並且可以獲得穩轉株,一次操作,永久使用,是研究長非編碼RNA功能最有效的方法!
這兩種敲除均可以透過CRISPR/Cas9技術實現。而且CRISPR/Cas9的脫靶效應極低,大大減少了由於脫靶效應帶來的誤判。安全又好使!
基因敲除常用的方法包含移碼突變和片段敲除,在非編碼RNA的研究中,片段敲除更有優勢。移碼突變造成的基因敲除,常常會出現以下問題:1) 無法完整敲除所有轉錄本;2) 許多非編碼RNA的轉錄本並未被摸清,無法確認移碼突變是否能有效敲除基因;3) 由於移碼突變所形成的的副產物是否會影響細胞功能仍然是個未知數。片段敲除可以完美避開以上所有問題,為非編碼RNA的功能研究提供了極大的便利。
您的想法,加上源井的專業技術,玩轉非編碼RNA是分分鐘的事情。源井生物擁有超過10年行業經驗的技術團隊,已經摸索出一套成熟的片段敲除方法,助您快速高效地獲得片段敲除細胞,讓您的研發之路如虎添翼。
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