近期，美國和日本研究人員在科學雜誌《Viruses》上，介紹了在肝細胞癌（HCC）基因組中發現的乙肝病毒（HBV）整合特徵。研究人員認為，近半HCC病例與乙肝病毒感染相關，這往往導致HBV序列在人類基因組中整合。

乙肝HCC基因組新發現，美日科學家揭示，HBV整合特徵

慢性HBV感染，在肝細胞癌的病理生理過程中起重要作用。大規模預防性疫苗接種，減少了乙肝病毒感染髮生率。然而，本研究人員介紹，慢性HBV感染仍然持續存在於3.5%的全球人口中。HBV感染透過會導致人類基因組中的HBV序列整合。準確地識別和描述HBV整合事件是非常必要的。瞭解HBV在HCC基因組中的整合位點，可能為治療開發提供新的靶點。

在這項研究中，來自美國佛蒙特大學微生物學與分子遺傳學學系和日本京都大學人類生物學高階研究所等研究人員使用VIcaller方法，對此前在88例HCC患者中檢測到的HBV整合進行了全面分析。將本研究結果與之前使用HBV特異性方法的研究結果進行了比較。此外，研究人員還首次檢查和表徵了新的非複發性HBV基因整合。值得注意的是，VIcaller方法透過發現已知癌症相關基因新整合，是具有診斷潛力的。

在樣本73T和90T中，發現了以往未曾報道過的TERT內含子整合，這些發現首次為相應的HCC患者提供了可能的基因診斷或解釋（這還需要進一步研究）的證據。在7個非複發性腫瘤相關基因中，發現了HBV與高度整合等位基因的整合，包括包括GAS7、NSP、RSPO2、NRG1、PRDM16、ARID1B和AFF1。GAS7已被證明直接受P53調控，是介導乳腺癌轉移的關鍵機制的一部分，NRG1融合被認為是肺腺癌的驅動因子，PRDM16在白血病中的作用，ARID1B在卵巢癌中的作用，AFF1在白血病中的作用也有報道。

已有研究表明，GAS7介導的通路抑制了奧沙利鉑(一種烷基化抗腫瘤藥物)治療後肝癌細胞的增殖，抑制GAS7使藥物的有益作用失效。同樣，NRG1透過增加上皮-間質轉化促進肝癌細胞的轉移，從而增加癌細胞的遷移行為(NRG1的遺傳變異也與精神分裂症有關)。只在正常組織中觀察到一些意外HBV整合，而在配對的腫瘤組織中沒有觀察到。多數整合等位基因片段的整合程度都很低(<5%)，包括那些位於癌症相關基因的整合片段。

還觀察到腫瘤組織中，整合HBV序列的長度通常比整合正常組織中的短。需要進一步研究來更好地理解HBV整合如何在HCC中發揮作用，包括HBV整合長度、插入HBV-DNA區域的功能作用、HBV整合的細胞比例以及其他協變數或因素。例如，已知HBV X區與HCC發病高度相關。研究人員還發現腫瘤組織中，許多HBV整合包含HBV增強子或啟動子區域，包括部分HBV X區域。

研究人員介紹，這些研究結果進一步支援我們提出的整合等位基因部分分析，在識別癌病毒相關基因研究中的重要性。另外，還對新的非複發性HBV基因整合通路分析，揭示了許多潛在參與HCC的關鍵代謝通路。值得注意的是，許多涉及ADH4的途徑都是富集的hit。適當的ADH4功能對酒精代謝至關重要。ADH4和其他酒精脫氫酶相關基因的功能變化與酒精依賴或酒精誘導的醫學疾病有關。

酒精被歸為1類致癌物。過量飲酒可導致脂肪肝、肝硬化，並最終發展為肝癌。此外，許多最近的出版物表明，FAK表達異常有助於肝細胞癌的發生和侵襲，我們發現涉及ITGA11、VCL和LAMA等基因的局灶粘附通路富集，這一發現得到了支援。總體來看，來自美國與日本研究人員於2021年2月4日在《Viruses》發表的這項研究指出：

我們分析發現，涉及醇脫氫酶4基因的多種途徑，如視黃醇、酪氨酸和脂肪酸的代謝途徑。對HBV整合位點的進一步分析揭示了不同模式，包括整合上斷點、整合基因組長度、整合腫瘤和正常組織之間的等位基因部分。研究表明，VIcaller方法透過發現癌症相關基因中的新的克隆整合具有診斷潛力。綜上所述，雖然VIcaller是一種遊離病毒組的假設方法，但它仍然可用於準確識別特定候選病毒的全基因組整合事件，以及其整合等位基因部分（研究人員：Pranav P. Mathkar 、Xun Chen、Arvis Sulovari and Dawei Li ，他們來自美國佛蒙特大學微生物學與分子遺傳學學系、日本京都大學人類生物學高階研究所、美國西雅圖Cajal神經科學公司、美國佛羅里達大西洋大學Charles E. Schmidt醫學院生物醫學科學系）。