科學之所以能夠稱之為科學，就是因為我們生活於其中的宇宙是一個井然有序的宇宙。不管我們把目光投向何方，從遙遠遼闊的星系，到原子的極幽深處，我們都能看到規律性以及精妙的組織。我們所看到的物質和能量的分佈並不是混亂無序的，相反，它們是按照從簡單到複雜的有序的結構安排的，從原子和分子，到晶體、生物，到行星系、星團等等，莫不是井井有條，按部就班。而且物質系統的行為也不是偶然的，隨機的，而是有章法、成系統的。科學家們進行研究的唯一目的就是要揭示支配這些自然秩序的規則，用來指導人類的生存。
自然界看起來是極為複雜的，但科學的發展卻不斷證明它是簡單的，這不僅體現在所有物質最終都可以統一為同一種東西——能量，而且系統科學的發展也不斷證明了所有物質系統之間的相似性，這一切都在證明古人由來以久的一種思想，那就是萬物不僅由同一種物質組成，也由同一個原理支配，這個原理就是物質系統產生、發展、壯大、衰退、滅亡的規律性。
西方科學誕生的主要標誌：是建立了一套有別於古代和中世紀的關於“實體”的自然觀和方法論。這套自然觀和方法論在飛速增長的自然知識領域和社會生產領域發揮著極大的作用。它們就是笛卡兒——牛頓機械自然觀和實驗——數學方法論。近代的自然科學家和哲學家共同鑄造了這個傳統。概括起來，這個傳統主要分為以下四個方面：第一，主客體分離，即人與自然的分離；第二，自然界的數學設計；第三，物理世界的還原論說明；第四，自然界與機器類比。從此，科學沿著兩種傳統發展：一種傳統是通常所說的“經典科學”，包括天文學、力學、數學和光學。它們在方法論上以數學和理論為基礎，規範而嚴謹。另一種是培根式的“經驗科學”，依靠儀器，注重定性和定量分析，在方法論上更看重實驗。這兩種傳統既平行又交織，共同促進了科學技術向前發展。而無論是依靠理性思維的“經典科學”，還是依靠儀器，注重定性和定量分析的“經驗科學”，都有一個理論預設：世界的本質是簡單的，它是由剛性不變的“實體”構成，外部世界的複雜性是由種種簡單性“實體”聚合而成，並在“實體”層面得到還原論的清楚解釋和充足說明。科學的任務就是探明宇宙的最終“實體”，而科學中的所有學科最終都可以統一到“實體”上來。
自然界的物質是統一的，這不僅是哲學思辨的結果，而且是科學不斷證明的結果，但是，哲學與科學對物質統一性理解是大相徑庭的，這造成了哲學與科學的分道揚鑣。在哲學上，物質是徹底統一的，自然規律肯定不是什麼可觀察的東西，而只可能是一種必然性關係的揭示，因此，還原分析方法是不可能正確認識它的。而在科學上，如果你相信了物質是由少數幾種死寂不變的基本粒子組成，那麼就會相信自然規律存在於這少數幾種基本粒子的個性之上，如果挖掘出了這些基本粒子，自然規律就找到了，西方科學正是沿著這條實證還原分析的道路狂奔下來的。
科學的真正價值就是揭示自然秩序背後的必然性，並用這種必然性來指導人的生存。可結果呢？在生物學上，科學家們沿著細胞、基因、生物大分子、原子的道路追尋下來，產生了科學上最大的難題，那就是“死的原子是什麼時候突變成活的生物”。在物理學上，科學家們先是精確地總結出了各種原子的存在，之後又發現了電子、粒子，現在又在猜測更小的夸克，可事實卻是這些所有的“基本粒子”都可以轉化為同一種東西，那就是能量，用能量也可以造出任何一種基本粒子，而能量是什麼？沒有人能夠回答出來。
相比於西方科學，產生於哲學的東方科學無疑是更理性的。雖然古代的先人根本不懂得原子或原子核的結構，也不懂得細胞和DNA的結構，他們更不知道後世的人對原子和宇宙的秩序是如此的驚奇，但先哲們卻深深懂得，自然界是統一的，包括最大的宇宙和最基本的粒子，本質上是相通的，它們不僅由同一種物質組成，也由同一個原理支配，這個原理並不是什麼機械的東西，而是一個無形無象、無所不在的數學法則，我們只能透過理性的反思才能領悟到。
氣理學說是東方科學的精髓。氣即氣一元論，它認為空間中連續著統一的物質，這些物質並不是靜止不動的，而是在緊張地相互壓迫中存在的，反抗周圍物質的壓迫是一切存在物的本性，也正是這種本性的存在，區域性物質才不斷在反抗周圍物質的壓迫中組織起來，成為一個個暫態的有序結構。我們觀察到的一切都是由統一物質組織起來的不同花樣，產生環境的不同使它們具有了不同的個性，看起來空無一物的空間則是統一物質相對無序的狀態，它們都是在不斷地有序和無序轉換中存在的，有序和無序的轉換規律就是大自然的普遍規律。理即陰陽五行學說，與西方的對立統一規律不同，陰陽學說是站在氣一元論的基礎之上的，陰即統一物質的有序狀態，陽即統一物質的無序狀態。明眼的人一眼就看出來，陰陽學說其實是一個典型的系統學規律，因為從無序（陽）到有序（陰）就是物質系統的產生，從有序（陰）到無序（陽）就是物質系統的滅亡，有序（陰）和無序（陽）的轉換規律其實就揭示了物質系統產生、發展、壯大、衰退、滅亡的規律性，由於自然界的一切都是成系統的，因此，陰陽學說揭示了大自然的最普遍規律。
如果說陰陽學說揭示了物質系統發展的普遍規律，那麼五行學說則揭示了系統內部物質運動的規律性。與陰陽學說相同，五行學說仍然是建立在氣一元論基礎之上的，這裡的五行不是五種不同的材料，而是同一種物質（氣）的五種不同運動形式，它普遍存在於自然的每一個物質系統當中。第一種運動就是組織（木），即每一個系統都有自組織功能，它可以不斷把空間中的混沌物質組織成自身有序的一部分；第二種運動就是離散（金），由於物質是統一的，彼此之間只有相互壓迫，而沒有所謂的吸引力，因此，走向物質分佈的平均化和運動的平均化是一種必然，熱力學第二定律就揭示了這種不對稱運動；第三種運動就是擴張（火），隨著要素在系統空間的不斷產生，系統空間會不斷向外擴張，使系統不斷髮展壯大；第四種運動就是壓縮（水），我們知道，有序的物質密度大，無序的物質密度小，等量的物質在無序狀態下佔有空間大，在有序狀態下佔有空間小，當物質不斷從無序向有序轉化的時候，其相空間就會受到壓縮，造成連續在空間中的混沌物質向這裡不對稱流動，吸引就是這種不對稱運動的表象。第五種運動就是控制（土），每一個系統都有一箇中心，這個中心透過要素之間的競爭把自己的意志強加在所有要素身上，順應自己意志的要素就不斷支援它在系統空間產生並發展，違背自己意志的要素就不斷地抑制它使之不斷在系統空間衰退並滅亡，在要素的週期產生與滅亡之中，普遍聯絡方式產生了，它透過連續在系統空間某一層次的物質有序（要素的產生）和無序（要素的滅亡）週期變換在系統空間傳遞能量或資訊，控制著每一個要素的生死存亡，保持著系統的秩序。這五種運動相互促進、又相互制約，共同造就了系統整體與外在世界之間的動態平衡。
很多人以為東方沒有科學體系，其實這是一種誤解，東方科學中包含著一個完整的系統科學體系，這使它能夠透過系統之間的類比來認識那些觀察不到的運動，從而對世界有一個完整的認識。中醫是東方科學的精華所在，它就建立在對那些觀察不到的關係認識之上，它不僅透過人體潮汐與地球潮汐的類比認識到了人與自然普遍聯絡的方式，得出了“疾病是人與自然矛盾激化的產物”的結論，而且透過地球水迴圈的平衡方式認識到了人體的普遍聯絡，即透過同一種媒介——水分子的週期組織與離散傳遞能量（資訊），並得出了不平衡是疾病之本的結論。因為不平衡會造成資訊在傳遞過程中的失真和變形，進而使整體的管理失控，而疾病就是整體管理失控的一種結果。與此相應，在疾病的治療上，中醫強調區域性細胞的病變並不是細胞自身的錯，而是整體管理上出了問題，只要恢復了整體的管理，病變細胞就會在整體力量的控制下改邪歸正，而中醫就是這樣一門恢復整體管理的學問。
與中醫不同，西醫繼承了西方科學的傳統，把醫學建立在對實體的精密觀察之上，觀察不到就不承認它的存在。觀察不到人與自然的聯絡，就以為人與自然沒有關係，觀察不到整體與區域性的關係，就以為整體與區域性沒有關係，進而機械地把疾病的原因建立在細胞病變之上。與此相應，在疾病治療的方法上，西醫就用外力來殺死病變細胞，如手術、藥物、射線等，雖然病變細胞死了，但也使整體的平衡受到了更大的破壞，副作用很大。而中醫治病靠的不是外力，而是整體的力量，所有治病方法都不過是恢復整體管理的一種工具，如中藥、針灸、精神療法等，其副作用要小得多。
同理，在認為宇宙萬物的方法上，西方科學靠的是精密儀器，如顯微鏡、望遠鏡，這使科學家們完全忽視了精密儀器觀察不到的物質運動，把科學建立在表象的觀察之上。而東方科學則不然，它很早就認識到物質徹底的統一性，進而得出連續在空間中的統一物質是永遠不可觀察的，這才沒有被表象的觀察所迷惑。在最小的基本粒子問題上，東方科學顯然把它們都看成了由統一物質組織起來的不同花樣，產生環境的不同使它們具有了不同的個性；在最大的宇宙生成問題上，東方科學則把它看成是無限宇宙空間的一個暫態的有序結構，只不過它有點大而已，但它在物質組成上與運動原理上和萬物是一樣的。
西方科學發展到現在，表面上是富麗堂皇的，但其整體卻建立在一個巨大的錯誤之上，不承認物質在空間中的連續性，使生命問題永遠不可認識；不承認物質徹底的統一性，使普遍聯絡永遠不可認識。要想使科學進一步發展，方法只有一個，那就是請回哲學這個認識自然更銳利的武器，只有這樣，我們才能夠真正認識那些精密儀器觀察不到的物質運動，從而對世界有一個完整的認識。