韓日世界盃之後的AC米蘭，可謂是紅黑軍團在新世紀一個關鍵的轉型階段。在伯納烏接下來在威斯特法倫，因扎吉攻入全場唯一進球，紅黑軍團也報了之前一個賽季在這裡失利的一箭之仇。接下來兩輪，AC米蘭先是以1-0戰勝莫斯科火車頭，然後紅黑軍團以4個1-0提前鎖定八強席位。 歐冠和義大利杯一路的瘋狂狀態也使得紅黑軍團漸漸在聯賽中失去了主動，斑馬軍團還是在聯賽中更穩定一些。在冬季紅黑軍團曾意外負於烏迪內斯和佩魯賈，而在第23～25輪又遭遇了尷尬的三連平。第23輪主場對陣亞特蘭大是一場經典比賽，上半場亞特蘭大三球領先，隨後紅黑軍團上演絕地反擊，最終追平了比分。

遭遇了聯賽三連平之後，紅黑軍團在主場2-1戰勝了斑馬軍團尤文，舍甫琴科和因扎吉各入一球，算是狠狠出了一口惡氣。當然雙方的較量可不止是在聯賽中，更在歐冠的賽場上。聯賽第28輪德比大戰，又是因扎吉攻入全場唯一進球，紅黑軍團在聯賽中完成了對同城死敵的雙殺，兩場比賽也都是驚險大以一球小勝。由於歐冠賽場的消耗體能，最後幾輪聯賽紅黑軍團基本處於放棄狀態，最終紅黑軍團名列聯賽第三，斑馬軍團獲得了聯賽冠軍。 而在歐冠賽場上，意甲北方三強也都一路飄紅。那個賽季的歐冠四分之一決賽中，紅黑軍團在客場與阿賈克斯互交白卷，回到主場同樣也是驚險萬分，阿賈克斯差一點就憑客場進球優勢淘汰了紅黑軍團。

不過好在最後時刻紅黑軍團成功把握住了機會，因扎吉挑射躍過門將，托馬森門前一墊，紅黑軍團以3:2驚險晉級。這場比賽也是這個賽季紅黑軍團在歐冠淘汰賽的寫照，一路都很驚險，卻並不妨礙最後時刻的勝利。半決賽中紅黑軍團再次面對同城死敵，北方三強全都殺入了歐冠四強，這是歐冠史上唯一一次來自同一聯賽，有三支球隊闖入歐冠四強，這是意甲在歐冠最巔峰的賽季，也是意甲“最後的輝煌”了。在歐冠半決賽中，紅黑軍團雖然沒有能夠像聯賽中一樣雙殺同城對手，但是依舊給同城對手留下了深深的傷痛。首回合雙方互交白卷，次回合又是“核彈頭”舍甫琴科站了出來，雖然在世界盃結束後的賽季舍甫琴科因為傷病問題進球不多，可是關鍵時刻還是奉獻了經典進球。

最後時刻馬丁斯扳回一球，不過留給藍黑軍團的時間已經不多了，阿比亞蒂最後的神勇撲救也確保了米蘭的最終晉級。米蘭憑藉客場進球優勢淘汰同城死敵殺入決賽，時隔8年再次進入歐冠決賽，等待他們的還是來自同一聯賽的尤文。尤文接連淘汰了巴薩和皇馬，不過內德維德在半決賽次回合比賽中的黃牌使得他錯過了最終的決賽，紅黑軍團迎來了利好訊息！同時03年歐冠決賽也是歐冠史上唯一一次意甲德比，意甲成為繼西甲之後第二個會師歐冠決賽的聯賽。03年歐冠決賽在老特拉福德球場舉行，紅黑軍團依舊選擇白色球衣出戰。不過這是一場沉悶的歐冠決賽，兩支意甲球隊都特別小心翼翼。紅黑軍團有一個進球被判越位在先，雙方最終也都沒有取得進球，最後只能通過點球大戰決出勝負。