2006年7月4日,55歲的拉蒙·卡爾德隆許諾引進卡卡、羅本、法佈雷加斯等新生代巨星為口號,當選皇馬新一任主席,隨後把“金牌教練”卡佩羅再次請回皇馬,隨之而來的還有卡納瓦羅、埃莫森等心腹球員。同時皇馬買入范尼斯特魯伊、迪亞拉等實力派球員。
2006/2007賽季,儘管做出了賽季中途清洗羅納爾多、封殺貝克漢姆的舉動,儘管球隊踢法難看,儘管大半個賽季都落後於巴塞羅那,但被認為有九條命的卡佩羅最終不負所托,依靠主場2:0,客場3:3戰平巴塞羅那建立起來的血性,范尼斯特魯伊最終以25個進球奪取西甲聯賽金靴,而替補出場的大羅也發揮出色,屢屢有進球進賬。當然還有貝克漢姆,貝克漢姆的職業精神感動了卡佩羅,在連敗比利亞雷亞爾和赫塔菲後,卡佩羅被迫解凍貝克漢姆,貝克漢姆不負眾望在之後的比賽發揮出色,屢次救主。最終這艘星際鉅艦連戰連捷上演大逆轉,艱難地再次捧得了聯賽冠軍。只可惜在最後一輪西甲中范尼斯特魯伊由於受傷被換下,錯失了和托蒂爭奪歐洲金靴獎的機會,那個賽季托蒂在意甲打進26球。賽季結束後,貝克漢姆轉戰美國大聯盟洛杉磯銀河隊,卡洛斯轉會費內巴切隊,銀河戰艦一期時代華麗謝幕。然而由於卡佩羅的足球哲學與西甲追求漂亮足球的踢法不相容,卡佩羅在率隊奪冠後再次下臺。
2007~2008賽季,德國人舒斯特爾出任主帥。走了羅納爾多、貝克漢姆、卡洛斯等人,皇馬買進了羅本、斯內德、德倫特、梅策爾德和佩佩。依靠上賽季打下來的堅實基礎,上半賽季,皇馬以16勝2平1負積50分,有史以來半程最高分紀錄成為半程冠軍。憑藉著這個基礎,皇馬提前四輪成功衛冕西甲冠軍。同時,皇馬以總比分5:1雙殺老對手巴塞羅那,並且在主場接受巴塞羅那列隊歡迎冠軍的儀式,而本場比賽皇馬也4:1大勝巴塞羅那,巴塞羅那直到第86分鐘才由亨利打進挽回顏面的一球。這是卡爾德隆當政兩年半內最輝煌的時刻。
2008~2009賽季,卡爾德隆時代積攢下的矛盾如火山般爆發:主席、主帥更迭,夏季的引援失敗,球隊高層混亂,球員傷病不斷。這個賽季皇馬不僅四大皆空,還相相繼被尤文、利物浦和巴薩雙殺。聯賽最後的五連敗更是卡爾德隆亂政的直接後果。在安菲爾德的慘敗延續了連續五年未能進入歐冠八強的尷尬紀錄。在這個賽季,死敵巴塞羅那獲得了三冠王。更讓皇馬球迷痛心的是,“小豬”施因斯泰格因為卡爾德隆而無法免費加盟。承諾的C羅、卡卡也沒有兌現,最終卡爾德隆因暗中操縱選票的醜聞被迫下臺。2009年1月16日,這是卡爾德隆作為皇馬主席的最後一天。因為一系列無法解釋的問題,卡爾德隆迫於輿論壓力選擇了辭職。卡爾德隆時代也隨著2008/2009賽季的黯淡被永久塵封。
球隊也從此離開了卡爾德隆統治的時代,重新進入到了弗洛倫蒂諾的掌權之下,繼續奉行“巨星政策”,買來了C羅,厄齊爾,卡卡,本澤馬,迪馬利亞等眾多巨星和世界上最好教練之一的穆里尼奧,三個賽季分別在國王杯、西甲、超級盃三個賽場打破巴薩的壟斷,在聯賽還以破紀錄的百分奪冠。
西班牙豪門皇家馬德里前主席弗洛倫蒂諾召開新聞釋出會,正式宣佈將參加2009年夏天的皇馬主席大選。2006年離開之後,時隔1171天,“銀河戰艦”的締造者出現在全世界球迷的面前宣佈:他將參加6月14日舉行的皇馬俱樂部主席選舉。
2009年6月1日,曾經的銀河戰艦的締造者弗洛倫蒂諾·佩雷斯復辟成功,並致力於打造“銀河戰艦二代”。2009年的夏天,皇馬斥資2.5億歐元買入了十名球員。其中包括2006/2007年的歐冠最佳射手、金球獎得主、世界足球先生卡卡,2008年的歐冠最佳射手、金球獎得主、世界足球先生克里斯蒂亞諾·羅納爾多,法國足球先生本澤馬等等。但是,“銀河戰艦II”在第一年並沒有取得弗洛倫蒂諾預想中的成功。擁有數位巨星的皇馬並沒有因此而一帆風順,反而在前進過程中艱辛萬分,在國王杯上爆冷;在西甲賽場上創紀錄的96分依然屈居亞軍;在歐冠賽場被裡昂擊沉。主帥佩萊格里尼黯然下課。
經歷了平庸的佩萊格里尼,銀河戰艦開啟“狂人時間”。隨著穆里尼奧成為球隊的主教練,厄齊爾,迪瑪利亞等更具有實力的球員加盟,皇馬逐漸恢復元氣。在歐冠1/8決賽次回合中,主場對陣里昂,皇馬六顆黃金彈頭輪流衝擊,3:0完勝里昂。銀河戰艦首次擊破里昂魔咒的同時,也終結了6年不進歐冠八強的尷尬記錄。此後皇馬兩回合總比分5:0橫掃熱刺,打破了2002年以來不勝英超球隊的魔咒,在2011年4月21日凌晨的國王杯決賽中憑藉C羅加時賽階段的頭球破門皇馬1:0擊敗巴薩,2008年以來首勝國家德比,重奪國王杯。唯一的遺憾是皇馬失去了聯賽冠軍的獎盃。
2011/2012賽季,穆里尼奧率皇家馬德里將士捲土重來,聯賽第6輪至第15輪,白衣軍團豪取10連勝為32冠奠定基礎,且從第7輪至第27輪,更打出了西甲客場10連勝的驕人戰績。在第35輪的比賽中,赫迪拉和C羅幫助皇馬頑強在巴薩主場諾坎普客場拿到3分,大業基本告成。第36輪他們又3:0大勝畢爾巴鄂競技,提前兩輪登頂。而皇馬從17輪到38輪保持一場不敗。
皇馬也創造了2011/2012賽季的最後兩個紀錄:以100分成為西甲歷史上單賽季得分最高的球隊;以121球成為西甲歷史上單賽季進球最多的球隊,超越了託沙克的皇馬創造的107球的紀錄。
2012年8月30日,皇家馬德里隊在西班牙超級盃兩回合總比分4:4(客場2:3,主場2:1),客場進球多優勢擊敗巴塞羅那,第9次奪得西班牙超級盃。
2013年5月21日,皇家馬德里宣佈穆里尼奧賽季結束後離開伯納烏。
2013年6月5日“銀河戰艦之父”弗洛倫蒂諾再次不戰而勝,連任主席成功;6月26日安切洛蒂代替穆里尼奧成為銀河戰艦的新船長,進一步改造第二代銀河戰艦。
2014年4月17日,2013/2014賽季西班牙國王杯決賽在梅斯塔利亞球場展開角逐,皇馬第19次奪得國王杯冠軍,5月25日,2013/2014賽季歐洲冠軍聯賽決賽在葡萄牙里斯本的光明球場舉行,皇家馬德里4比1戰勝馬競,第10次獲得歐洲冠軍聯賽冠軍。 8月12日,皇馬2-0擊敗塞維利亞,奪得歐洲超級盃冠軍。
2014年12月21日,皇馬2-0擊敗聖洛倫索,奪得世界俱樂部杯冠軍 。9月17日到12月21日,皇馬豪取22連勝,創造連勝新的紀錄 。
2015年6月3日,皇馬官方宣佈新任主帥貝尼特斯上任,合同簽約3年。然而不到一年,2016年1月5日,皇馬官方宣佈戰術大師貝尼特斯下課,齊達內將擔任皇馬的新主帥,齊達內是皇馬史上第一位法國籍教練。5月29日,2015/16賽季歐冠決賽在義大利米蘭的梅阿查球場舉行,皇馬常規時間內1-1戰平馬競,點球大戰5-3擊敗馬競。歷史上第十一次獲得歐洲冠軍聯賽冠軍。
2016年8月10日,第41屆歐洲超級盃在挪威特隆赫姆舉行,皇馬通過加時3比2擊敗塞維利亞,第三次奪得歐洲超級盃。2017年5月22日,皇馬客場2-0完勝馬拉加,奪得本賽季聯賽冠軍,這是皇馬近5年來首個西甲冠軍,俱樂部歷史上第33次聯賽捧杯。6月4日,皇家馬德里4-1大勝尤文圖斯,奪得本賽季歐洲冠軍盃冠軍,這是皇馬近4年來第3個歐冠冠軍,俱樂部歷史上第12次歐冠冠軍,也成為歐冠改制以來第一支成功衛冕歐冠冠軍的球隊。
2017年8月9日,2017年歐洲超級盃中,皇馬2-1擊敗曼聯,史上第4次獲歐超杯冠軍,也是1990年後頭一支成功衛冕的冠軍隊。也是歷史上第3支做到這點的球隊 。8月17日,西班牙超級盃次回合,皇家馬德里以2-0(首回合3-1),總比分5-1擊敗巴塞羅那奪冠,第10次捧杯。12月1日,皇家馬德里入選2017年環球足球獎最佳俱樂部候選名單。12月17日,皇家馬德里1:0小勝南美洲冠軍格雷米奧,成史上首支蟬聯世俱杯冠軍的球隊。
2018年5月26日,皇馬在歐冠決賽中3比1戰勝利物浦,拿下了隊史第十三座歐冠獎盃,同時也完成了改制之後首次三連冠的偉業,這也是皇馬在近五年間的第四次奪冠。 5月31日,齊達內宣佈辭去皇馬主教練一職,急流勇退。 7月5日晚,皇家馬德里俱樂部宣佈奧德里奧索拉將正式加盟。 7月10日,皇馬宣佈C羅離隊,1億歐元轉會尤文。至此,銀河戰艦二期度過了最輝煌的時光。
豪門祕史-皇家馬德里篇,到此告一段落,期待銀河戰艦的再次起航!