世紀之交這段時期是AC米蘭的低谷期，扎切羅尼因為戰績不佳下課了。接替扎切羅尼教鞭的是切薩雷.馬爾蒂尼——就是著名的老馬爾蒂尼。馬爾蒂尼父子繼義大利國家隊後再次在紅黑軍團相聚，這不是老馬爾蒂尼第一次執教紅黑軍團了，他在七十年代就執教過紅黑軍團，時隔27年後再次回到了曾經的崗位。而老馬爾蒂尼這次還帶來了一位助手，那就是曾經的AC米蘭老臣塔索蒂。雖然當時年事已高的老馬爾蒂尼只是臨時救火，可是塔索蒂卻成為了長期助教。老馬爾蒂尼上任首戰便四球大勝巴里，AC米蘭漸漸找回狀態，看來老馬爾蒂尼真是AC米蘭的救世主。

等到了第30輪德比大戰，大家都以為會是一場高水平的比賽，誰也沒想到比賽出現了一邊倒的情況。兩支球隊在那個賽季表現都不理想，失去了為歐冠資格奮鬥的動力，米蘭雙雄都在競爭歐聯的資格。第13輪時雙方同樣奉獻了一場精彩比賽，最終2:2戰平。不過在那個賽季的聯賽第二次相遇的時候，徹底成為了AC米蘭一支球隊的表演。上半場比賽，壓抑了整個賽季的科曼蒂尼突然爆發，他的獨中兩元幫助AC米蘭獲得領先。值得一提的是，這兩球也是科曼蒂尼代表紅黑軍團在意甲取得僅有的兩球，就是對同城死敵打進的。下半場比賽則徹底成為了AC米蘭的表演，國際米蘭則完全不在狀態。號稱“德比殺手”的舍甫琴科自然不甘人後，同樣也獨中兩元。

再加上瓊蒂和塞爾吉尼奧的進球，紅黑軍團最終六球狂屠同城死敵，這也是米蘭德比中罕見的大比分。這場比賽也成為了永恆的經典，每到德比紅黑軍團的球迷都可以把這場大勝拿出來說事。6:0是米蘭德比正式比賽中最懸殊的比分，在一個紅黑軍團不是很順利的賽季完成的。但這段時間兩個米蘭的實力相差並不大。不過要算上非官方的一些比賽的話，這還不是最大比分。1918年紅黑軍團曾在毛羅杯上8:1戰勝藍黑軍團，不過當時的毛羅杯還不算正式比賽。米蘭德比之後，由於已經無慾無求，而且聯賽的形勢已經差不多定下來了。紅黑軍團在最後四場比賽中沒有取得一場勝利，最終名列聯賽第六，獲得了一個聯盟杯席位。舍甫琴科在這個賽季聯賽中同樣也打進了24球，保持了良好的進球勢頭。

不過這一次舍瓦不是意甲金靴，克雷斯波以26球超越了他，舍甫琴科只能位居射手榜次席。雖然經歷了一個失望的賽季，但是那一年貝盧斯科尼第二次成功當選了義大利總理，在這個夏天他要帶給紅黑軍團的球迷一份大禮，種種跡象也預示著AC米蘭正在一步步走向復興。貝盧斯科尼在他第二次當上了義大利總理的時候，他試圖改善AC米蘭的狀況。在米蘭王朝結束了之後，紅黑軍團蟄伏了幾年之後也該到了做出改變的時刻！新主帥選定的是此前在加拉塔薩雷擊敗過米蘭的土耳其人特里姆，總理出面邀請他當然是可以的。在加拉塔薩雷拿到聯盟杯冠軍後，特里姆登陸亞平寧來到了佛羅倫薩，取得了不錯的成績。一個賽季後，這位主帥便和隊中大將魯伊.科斯塔一起來到了AC米蘭。