本文主要介紹藥物研發演算法科技公司深勢科技是如何實現低成本在阿里雲上構建分子模擬MDaaS （Molecular Dynamics as a Service）超算叢集。

客戶簡介

公司名稱：深勢科技

公司介紹：

深勢科技是一家成立於2018年的藥物研發演算法科技公司，致力於運用新一代分子模擬MDaaS （Molecular Dynamics as a Service）技術解決藥物研發難題，實現藥物分子的理性發現和設計。

企業的主要產品Hermite 藥物研發套件，旨在幫助使用者在第一性原理精度力場基礎上，實現高通量藥物篩選與最佳化；DP-Cloudserver軟體，旨在幫助使用者更便捷建立基於深度學習的原子間勢能和力場模型和執行分子動力學模型，有效解決分子模擬中的準確性和效率性難以兼顧的問題。

公司由中科院院士領銜，核心團隊來自北京大學、普林斯頓大學、上海藥物研究所等高校和科研機構，在機器學習、第一性原理建模、RiD高效取樣、生成演算法、力場開發等方面有著深厚的技術積累，在小分子藥物設計和大分子藥物設計領域有著豐富的專案經驗。

公司已在力場開發、小分子藥物篩選與最佳化、藥物ADMET性質預測、結合自由能微擾、多肽藥物設計等領域提出更加高效和準確的解決方案，並與諸多來自學界和工業界的客戶開展合作。目前已經獲得來自知名投資機構的近2000萬元天使投資。

業務痛點

深勢科技的業務量波動較大，希望可以提供基於作業負載的彈性伸縮能力，最大化利用計算資源；

深勢科技可以有效排程叢集的計算資源，希望提供跨可用區的多規格例項彈性擴容，並且支援不同例項規格使用不同的映象；

叢集的作業量很大，所以深勢科技希望可以提供作業粒度的費用賬單便於計費；

深勢科技作為一家初創企業，追求高性價比，以較低成本完成有效計算。

為什麼選擇阿里雲？

主要是領先的產品與靈活的售賣模式。

阿里雲是國內少有提供雲上彈性高效能計算平臺（EHPC）的雲廠商，阿里雲EHPC叢集的自動伸縮功能，超越傳統超算的“靜態”資源分配，使用者可根據負載實現按需擴容縮容。透過使用者自定義設定，有效提升作業的吞吐量，加快作業處理速度，極大提升叢集的利用率。

植根於阿里雲自動運維與視覺化管控技術，E-HPC提供叢集管理、作業管理、使用者管理和視覺化等功能，幫助使用者輕鬆使用雲上HPC叢集。阿里雲後臺實現對叢集的主動運維、熱升級與遷移，讓HPC客戶專注於應用與科研本身，無需費時費力於叢集管理與運維，更加便捷地使用超算帶來的便利。

同時基於費用中心的賬單，EHPC提供開源計費工具，支援作業粒度的費用統計，高效解決計費需求。同時阿里雲的搶佔式例項提供了低成本的算力資源，價格最低達到按量付費的一折。

解決方案

方案細節：

深勢科技透過阿里雲彈性高效能計算的平臺，排程下層多種算力資源。在選擇算力資源時，深勢科技多選用了具有低成本優勢的搶佔式例項，同時透過阿里雲彈性供應解決方案，深勢科技可以一次性獲取所需的算力資源，無需關注底層例項。

由於客戶需求多跟著專案週期走，深勢科技的業務有不穩定的週期性，阿里雲彈性高效能計算平臺（EHPC）的自動伸縮功能，利用雲上的彈性，根據作業負載自動管理計算資源，深勢科技不需要自行管理資源規模，有助於深勢科技降低運維成本。

深勢科技需要計算每個使用者、作業所用資源費用，幫助統計成本；阿里雲EHPC的作業詳情匯出功能，可以檢視每個作業的資源使用量。同時開發費用統計工具，結合費用中心賬單可以統計每個作業的計算費用。

阿里雲彈性供應組是一個使用搶佔式例項和按量付費例項快速部署例項叢集的方案，支援一鍵部署跨計費方式、跨可用區、跨例項規格族的例項叢集，可以穩定提供計算力，在享受緩解搶佔式例項的回收機制帶來的不穩定因素，免去重複手動建立例項的繁瑣操作。

因此，使用彈性供應的成本最優策略來排程搶佔式例項資源，指定多個可用區和例項規格，確保以最優價格完成spot+按量計算資源的交付。按秒計費，價格最低至1折。

客戶效益

1、滿足了客戶低成本構建高可用算力叢集的需求：30%成本實現海量算力交付：深勢科技利用彈性供應的成本最佳化策略，結合spot例項的價格巡檢，以30%的成本完成日均3w+ vCPU資源的交付。

2、EHPC自動運維的易用特性，降低了深勢科技的運維成本，提升了叢集管理效率。

客戶證言

分子模擬為我們提供了認識世界的重要工具，而具體實現這一過程一方面需要優質的演算法，另一方面需要海量的計算資源。深勢科技採用的“AI+物理建模+HPC”的研發正規化，在演算法層面取得了重大突破；而在資源層面，我們要感謝阿里雲的彈性高效能計算服務在較低成本的基礎上提供了海量的計算資源。接下來，深勢科技會與阿里雲進一步緊密合作，將“AI+物理建模+HPC+雲計算”的MDaaS模式推及更多有需求的朋友們。——深勢科技CEO孫偉傑

選用產品

彈性高效能計算E-HPC

彈性高效能計算（E-HPC）基於阿里雲基礎設施，為使用者提供一站式公共雲HPC/AI平臺服務，面向科研，生產，教育和行業大計算，提供快捷，彈性，安全和與阿里雲產品互通的雲超算平臺。

雲伺服器ECS

雲伺服器（Elastic Compute Service，簡稱ECS）是阿里雲提供的效能卓越、穩定可靠、彈性擴充套件的IaaS（Infrastructure as a Service）級別雲計算服務。雲伺服器ECS免去了您採購IT硬體的前期準備，讓您像使用水、電、天然氣等公共資源一樣便捷、高效地使用伺服器，實現計算資源的即開即用和彈性伸縮。阿里雲ECS持續提供創新型伺服器，解決多種業務需求，助力您的業務發展。

搶佔式例項

搶佔式例項是雲伺服器ECS一種特殊的例項，相對於按量付費例項價格有一定的折扣，其價格以小時為週期根據供需情況不同而變化，最低可至按量付費的一折，旨在為使用者降低部分場景下使用ECS例項的成本。

GPU 雲伺服器

提供 GPU 算力的彈性計算服務，具有超強的計算能力，服務於深度學習、科學計算、圖形視覺化、影片處理多種應用場景。阿里雲作為亞洲第一的雲服務提供商，隨時為您提供觸手可得的算力，有效緩解計算壓力，提升您的業務效率，助您提高企業競爭力。

彈性供應

彈性供應是一個使用搶佔式例項和按量付費例項快速部署例項叢集的方案，支援一鍵部署跨計費方式、跨可用區、跨例項規格族的例項叢集。您可以透過彈性供應組穩定提供計算力，緩解搶佔式例項的回收機制帶來的不穩定因素，免去重複手動建立例項的繁瑣操作。