2月1日,浙江省疾控中心上線自動化的全基因組檢測分析平臺,它可將原來數小時的疑似病例基因分析縮短至半小時,大幅縮短確診時間,並能精準檢測出病毒的變異情況。
浙江的全基因組檢測分析平臺由浙江省疾病預防控制中心、阿里達摩院醫療AI團隊和傑毅生物技術公司共同研發。該平臺採用不同於核酸檢測方法的全基因組檢測技術,對疑似病例的病毒樣本進行全基因組序列分析比對,能夠有效防止病毒變異產生的漏檢,並將原需數小時的全基因分析流程減少到半小時,大幅提高疑似病例的確診速度和準確率。
公開資訊顯示,新型冠狀病毒是基因組序列最長的病毒之一,全基因組序列全長29847bp,臨床診斷需要將患者樣本與該病毒基因序列進行比對才能確定診斷結果。
圖:病毒結構
目前醫院普遍採用核酸檢測方法,其只能檢測到病毒基因的區域性。由於病毒存在變異的可能性,對於整個基因序列來說這種檢測方法猶如盲人摸象,一旦病毒發生變異,就可能出現漏檢的情況。
新型冠狀病毒肺炎疫情發生後,達摩院演算法專家顧斐博士立即奔赴浙江省疾控中心,第一時間針對新型冠狀病毒基因進行特徵分析,並推出多個演算法模型。在序列比對過程中,達摩院對演算法增加了分散式設計,有效提升比對效率;在病毒序列拼接階段使用分散式設計的de Bruijn圖演算法,變異病毒也能精準檢測。
浙江省疾控中心基因測序負責人孫逸博士介紹說,這個平臺基於阿里雲的強大算力與達摩院新演算法可以為病毒的解析提供支撐,基於該平臺,未來還可以在短時間內將檢測範圍覆蓋整個確診病例,也為後續疫苗與藥物研發打下了堅實基礎。
圖:達摩院演算法專家在省疾控中心做檢測
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