背景知識介紹

我們知道，GO/KEGG通路富集分析是將感興趣的差異基因富集到相關功能通路上。差異基因富集到的通路，其所對應的相關功能通常為差異基因在生命進程中發揮作用的研究推斷提供重要的支持。因此通路富集結果的展示，往往是差異分析結果展示的最後“臨門一腳”。

GO/KEGG氣泡圖用於展示富集分析結果中P值最小的前N個功能或者通路。通過氣泡圖，可以生動地展示富集分析結果中的各個關鍵統計量，從而在一張圖上呈現更多的信息。

那究竟要怎麼實現它？很簡單，繼續看下去吧！

背景知識介紹

2.1 GO/KEGG繪圖小工具

作為富集結果的展示，GO/KEGG氣泡圖的輸入數據為進行GO/KEGG通路富集的結果文件。繪圖所需的輸入數據中需包含中"Term_description"、"ListHit"、"FoldEnrichment"和"p-value"列（詳見平臺頁面右側的使用說明），示例文件如下；

圖1 繪圖輸入的通路富集結果示例文件，一行為一條通路

若在常用參數中“y軸添加TermID”為“是”，則輸入數據中還須存在"Term_ID"列。可添加‘Category’列，對Term進行分類展示，例如：GO中的BP（biological_process），CC（cellular_component），MF（molecular_function）。

2.2 繪圖主要參數選擇

在進行繪圖時默認選擇輸入文件前20行（按p-value進行排序）的通路生成圖片，用戶可自選輸入相關參數來調整進行繪圖的通路數量。為了更好的圖片展示效果，建議選擇繪製的通路數量不要大於30條。

2.3 用戶常用參數選擇

如果只是生成一張默認的氣泡圖，那麼輸入文件選擇行數後就可以直接運行了。若是想要生成更美觀的圖片，可以通過下面常用參數的選用和調整來實現；

1. 有些通路的名稱較長，為了圖片展示效果，可以選擇是否對長度在50以上的通路名50以後的字符進行省略；

2. 在進行繪圖時默認選擇輸入文件前N行（按p-value進行排序）的通路生成圖片，可選擇按輸入數據提供的其他特徵（ListHit，FDR_bh）的通路進行排序，或選擇默認表格的排序，來篩選用於繪圖的前N條通路；

3. 平臺上提供了7種配色方案供選擇，默認為“紅-黃-藍”的漸變配色；

4. 生成圖片中的氣泡直徑大小取決於ListHit值，也可以對其進行手動自定義；

5. 圖片的標題、圖例標籤均可自定義輸入，標題、圖例及x軸的字體大小也可進行自定義調整。

2.4 結果展示說明

生成的氣泡圖Y軸對應功能或者通路，X軸表示特定通路中差異基因與該通路所包含的所有基因的比值，值越大，說明該通路的差異基因佔比越高；氣泡的大小表示該通路中差異基因的多少，點越大，特定通路中的差異基因越多；點的顏色根據排序依據的數值大小漸變生成，如下圖所示，繪圖的通路數據根據p-value進行排序篩選，點的顏色也根據p-value值的大小漸變展示，p-value值越小，顯著程度越大；

若輸入文件中添加了Category列，並在常用參數中選擇“y軸添加TermID”為“是”；

生成的氣泡圖中的點將會根據TermID的分類進行生成不同的形狀，其類別對應形狀如圖例所示：

怎麼樣，是不是非常簡單就得到了一張呈現了多種關鍵信息的GO/KEGG富集結果圖呢？在上還有很多這樣的繪圖小工具，期待您的使用哦！

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