samtools view -h Test.bam KJ660346.1:1-1000 | samtools sort -n | samtools fastq  -s singleton.fq 

samtools也提供了簡單的處理方式,比如要提取 chr1的reads

samtools view input.bam ch1

10x genomics的bam結果,發現單細胞的reads全包含在一個bam檔案裡,用barcode進行區分,因此可能就需要提取其中的資訊,比如提起某一個細胞的reads

samtools view genome_bam.bam -h | sed -n "/^@\|TCTGAGAAGAAACCAT-1/p" | samtools view -b > result.bam