期刊：Gene Res

影響因子：9.043

實驗對象：肺癌細胞株

DOI:10.1101/gr.261941.120

長讀長測序可以對已知的癌性突變進行基因分型，更精確地識別到一些結構異常如大片段缺失、基因融合和其他染色體重排。此外，研究還有報道幾種中型結構畸變，包括局部重複、倒位和微缺失的複雜組合，這些變異有時會發生在與癌症相關的基因中，例如 STK11、NF1、SMARCA4 和 PTEN。傳統的短讀長測序受序列長度的限制往往會造成變異位點的漏檢。因此，長讀長測序可能有助於瞭解致癌突變仍然未知患者的分子病因。

腫瘤細胞系的長讀長測序

利用長讀長技術對肺癌細胞株LC2/ad進行全基因組測序，發現三代測序技術在此方面應用具有如下優勢：a.序列長度長：獲得的序列長度可達50 kb；b.覆蓋率高：較低測的測序深度即可達到較高的基因組覆蓋率（測序深度 20x時，人類基因組有50%以上被覆蓋）；c. 序列準確性高。

圖 腫瘤基因組的長讀長測序

長讀長技術檢測腫瘤的SV

研究比較了不同讀長技術在鑑定腫瘤SV的差異，在長度長數據集中找到17092個SV中，短讀長數據集中只檢測到了2236個SV。

圖 腫瘤基因組的結構變異分析

腫瘤基因組

有些腫瘤基因變異情況是非常複雜的，如同時發生重複、倒置和缺失，我們將其命名為“癌性局部拷貝數病變”(CLCLs)，CLCLs的長度遠遠超出了短讀長的測序長度，因此，基於短讀長是檢查不到的，長度長測序可以跨越CLCCs，得到準確的結論。

圖 複雜變異的鑑別