處理含氟工業廢水的方法有很多種，而企業實際應用的無非是化學沉澱法、混凝沉澱法以及吸附法，比如傳統的工藝組合：化學沉澱法+混凝沉澱法。簡單來說就是加藥去除，複雜點說就是通過投加沉澱劑（常用鈣鹽沉澱法Cacl2）到含氟廢水中，使氟離子與沉澱劑發生化學反應形成難溶的含氟沉澱或含氟絡合物後，再進行液固分離，從而達到去除的目的。此工藝主要的日常處理費用為藥劑費用。

某光伏企業採用多種沉澱法結合處理含氟廢水，一級鈣鹽除氟且在二、三級反應池投加CaCl2、PAC、PAM使得氟離子濃度從1000mg/L降至低於10mg/L，達到排放標準。

吸附法主要是使工業含氟廢水通過裝有氟吸附劑的設備，氟與吸附劑中的其它離子或基團交換而被吸附在吸附劑上除去，吸附劑則可通過再生恢復交換能力。而吸附法雖然它的處理效果很好，但是費用往往是高於沉澱法，目前更多的是應用在低濃度含氟廢水上，也可以做為深度除氟的工藝上。

例如某半導體企業（進水氟離子濃度在450mg/L以下）採用的是一級混凝沉澱+二級混凝沉澱+活性氧化鋁吸附對其排放的含氟廢水進行處理。前端與化學沉澱法+混凝沉澱法的差異不大，是通過沉澱的方式將氟離子進行去除：含氟廢水用泵提升到混凝反應池一，投加藥劑反應後進入沉澱池一完成泥水分離，出水進入混凝反應池二，繼續加藥反應後再進入沉澱池。主要區別在於後續通過多個吸附塔的作用，將沉澱出水的氟離子再進一步去除（濃度在20mg/L左右），出水後含氟離子的濃度低於了10mg/L，達到了排放標準。

實際處理上是根據汙染的嚴重程度（含氟濃度）以及水量的大小來決定的，光伏企業案例上水量較大，濃度較高，選用以化學沉澱法和混凝沉澱法的組合更適用。而半導體企業案例水量和濃度都相對而言降低，可通過此避免成本增加。