主要區別是，科目分類不同、外形特徵不同、飼養特點不同，具體如下：

一、科目分類不同

1、巧克力娃娃

中文學名黑帶龍脊魨。屬魨形目、四齒魨科、龍脊魨屬、黑帶龍脊魨種。

2、潛水艇魚

中文學名暗綠魨，別稱潛水艇魚，小艇，金娃娃，斑點綠河魨，深水炸彈魚。屬魨形目、四齒魨科、魨屬、黑青斑河魨種。

二、外形特徵不同

1、巧克力娃娃

體長約3.5cm。天藍色的眼睛配上短短的身材和圓滾滾的肚子，活像一個太空人。身體顏色會隨著情緒、光線變化而變化，一會深黃、一會淡黃，背上幾塊墨黑的斑紋隨著體色變化形成一個鮮明的色彩組合。成熟雄魚腹部有條咖啡色的線，眼後有皺摺，體色較黃。雌魚則體態渾圓。

2、潛水艇魚

成魚體長約10～17cm。體形約成橫狀長橢圓形，頭部粗圓，一對突起的大眼睛非常有神，瞳孔黑色為主亦可呈現藍色綠色。體表光滑無鱗。魚鰭半透明，無腹鰭，尾柄豎扁打開呈扇形，只靠胸鰭和短小的背鰭和臀鰭游泳，各鰭扇動速度相當快速，但不以泳速見長。約以胸鰭為界，以上（含背部）皮膚呈金黃色（偏綠）的光澤，另有黑色的圓型斑點交錯其中，類似豹紋。以下（含腹部）皮膚呈淨白色的一片。

三、飼養特點不同

1、巧克力娃娃

肉食性，通常冷凍的或新鮮的血蟲，蚯蚓小蝦貝殼類螃蟹魷魚蝸牛等都是巧克力娃娃喜歡吃的，喜歡緩慢和安靜的環境，白天它們通常會躲起來，早上和傍晚出來遊玩，特別活躍，而且可以飼養在純淡水中，不像潛水艇魚需要高濃度鹽水。

2、潛水艇魚

潛水艇魚具有與生俱來的抗滲透壓能力，這種能力可以得以自由的在淡水、汽水、海水間穿梭，完全不受限制。但從飼養環境來說，還是必須模擬生長環境的汽水。如果用淡水或是海水長期飼養，小艇會慢慢失去活力甚至快速死亡。潛水艇魚是肉食性魚種，牙齒相當鋒利，能夠輕易咬碎一般甲殼類、貝類的硬殼，掠食裡面的肉。此外並獵食其它小魚、海蚯蚓等生物。

會攻擊其他小魚，特別喜歡咬別的魚甚至同伴的尾鰭。其食道構造特殊，使潛水艇魚在遇到敵害或受驚嚇時，吸入空氣和水，使胸腹部膨大如球，表皮小刺豎立，浮於水麵裝死，以此自衛，待安全後，迅速排放胸腹中的空氣與水後快速遊走。

區別在於，一是性質不同。

潛水艇是人工製造的在水下航行的機器。巧克力娃娃是用巧克力做的玩具食品。

二是作用不同。

潛水艇是在水下，可以用於科研，也可以用於軍事。巧克力娃娃可以欣賞，同時也可以吃。

三是大小不同。

潛水艇很大。巧克力娃娃很小。

四是製造不同。

潛水艇製造複雜，用許多鋼材等制作。巧克力娃娃就是用巧克力就可以做。

潛水艇汽水魚，巧娃淡水魚。巧娃長不大，吃螺和小蝦，會咬魚鰭。潛水艇更凶猛，能咬死吃掉普通小型熱帶魚。