有6個boss,合金彈頭4（Metal Slug 4）於2001年出品，由於SNK公司破產，該作由Mega Enterprise公司以及playmore公司合作開發，風格和控制類似於以前的作品，兩個新面孔的角色Trevor和Nadia將出現在開始陣容中。狙擊手、刀手、直升機、坦克、吉普車、等各種作戰對象都將出現在遊戲中，遊戲中將出現的武器有雙管機槍、霰彈槍、噴火槍、火箭筒、鐵蜥蜴等。

第一關BOSS

Brave Guerrier

這架由叛軍和阿馬迪烏斯加聯合打造的飛艇，被用來運送部隊到戰場，並從任何射程提供支援火力。

分為多段攻擊，不過玩家要是懂得套路都是非常簡單的。第二關BOSS

Toschka Dalanue

這座武裝塔是由阿馬迪烏斯建立的，用來作為一個警戒點和一個防禦基地，防止任何正規軍深入。這個BOSS一共有五層，最下面是五區，最上面是一區，而一區則是一個假的艾倫在操作（後期證實是機器人）。

打敗假艾倫之後，它會和基地一起爆炸得無影無蹤





第三關BOSS

The Iron

玩家們都在奇怪，合金彈頭雖然改頭換面了，但是沒有摩登將軍的話怎麼可能有原汁原味啊，于是在第三關我們終於見到了久違的摩登。

合金彈頭4第三關的BOSS，就是合金彈頭1五關BOSS改良版，阿馬迪烏斯為了讓坦克對場景地形更加適應，改造了這款設備，裝備了坦克履帶而不是車輪，這樣它可以在任何地形上移動得更快，並且擁有更先進的裝甲和火力。

另外，在後期的《金屬彈頭》移動版中得到官方透露，這一代出現的艾倫和摩登都是假的，僅僅是阿馬迪烏斯組織打造的機器人，用來迷惑玩家的。

但是玩家從摩登爽朗的笑聲中似乎能夠感受到，這特麼就是真的啊！





第四關BOSS

Big John

BOSS最初是一個遊樂園的一個正常的機器人，但是某一天它的控制權卻被阿馬迪烏斯組織取得，于是組織將這個機器人進行改造，但是外觀仍然保持原樣。



該組織就是通過這個機器人，投放大量的木乃伊病毒和喪屍病毒，將遊樂園的遊客變成了喪屍或者木乃伊。這些病毒就是之前叛軍在摩羅十誡以及埃及古墓中取到的，被博士研究之後投放到人多的地方，試圖製造混亂。不過，他們已經研究出了解藥







第五關BOSS

這艘巨大的潛艇，可以輕易摧毀船隻。

潛艇上面裝載了加特林機槍，可以殺死任何存在於機上的人員，並用導彈驅散目標。它既可以秘密摧毀潛艇和船隻，也可以正面攻擊。是海洋作業非常霸道的工具





第六關BOSS

在摩登最倒霉的那些年，作為組織頭目的阿馬迪烏斯博士，他幫助摩登重新打造了新的武器裝備，而摩登則幫助他建立了自己的軍隊。他是金屬彈頭4最終的BOSS。他控制著電腦主機。

最終關的BOSS由三部分組成。玩家必須打敗它三次才算是完成任務。最終，博士被困在機器中出不來，玩家這時候為了逃命直接跑了。這位博士到底死沒死就不清楚了