1.含義上的區別:預算外資金財政專戶是財政部門在代理銀行開設的，用於記錄、核算和反映預算外資金收入和支出，並對預算外資金日常收支進行清算的收付活動。

國庫 是國家財政收支的保管出納機構。是用於記錄、核算和反映財政一般預算資金和政府性基金的收支，以及上下級財政之間的收付活動。

2、管理方法的區別

預算外資金財政專戶實行收支兩條線管理方法。財政部門在商業銀行開設預算外資金財政專戶，行政單位或事業單位應當及時、足額地將所收取的預算外資金上繳預算外資金財政專戶。行政單位或事業單位根據部門預算和用款計劃，在需要使用預算外資金時，向財政部門提出申請。

國家財政預算收支的保管出納制度分為金庫制和銀行制兩種。金庫制又分為獨立金庫制和委託金庫制。獨立金庫制指的是國家特設經管國家財政預算收支機構，辦理國家財政預算收支的保管出納工作。國家不單獨設機構，而是委託銀行辦理國庫業務的稱委託金庫制。

3、資金收繳上的區別

預算外資金財政專戶收繳實行直接庫繳和集中匯繳兩種方式。直接繳庫是由繳款人按照有關規定，持執行單位開具的“非稅收入一般繳款書”到預算外資金財政專戶代理銀行，繳入預算外資金財政專戶。集中匯繳是由執收單位將所有收取的款項按日匯總集中繳入預算外資金財政專戶。

國庫機構按照國家預算管理體制設立，縣級以上各級預算必須設立國庫，具備條件的鄉、民族鄉、鎮也應當設立國庫。各級國庫必須按照國家有關規定，及時準確地辦理收入的收納、劃分、留解和預算支出的撥付。各級國庫庫款的支配權屬於本級政府財政部門。

國庫和財政專戶都是財政管理中的重要概念，但是它們之間有一些區別。

國庫是國家的基本金融機構，是財政集中管理的專門賬戶，用於集中收付國家財政收入和支出。國庫是國家資金的主要存儲和支付中心，可以說是國家財政管理的核心，主要負責資金集中調度、監督、管理和使用。國庫資金的支出需要根據國家的預算方案進行安排，並在預算法規定的範圍內進行。

財政專戶是指中央或地方財政部門設立的，為特定資金或項目而設立的專門賬戶。財政專戶是為了保障資金使用的專項性、限定性和安全性而設立的，主要負責保障特定資金的專項使用和監管，確保資金使用符合法規和規定，同時也便於進行財務管理和核算。

因此，國庫和財政專戶雖然都是財政管理中的賬戶，但是其定位和功能有所不同。國庫是集中管理國家全部財政收支的核心，負責整體調度和監督；而財政專戶是為了保障特定資金使用的專項賬戶，主要負責管理、使用和監管特定資金。