兩者的含義和計算公式不同

市盈率是每股股價和每股收益的比值，即市盈率=每股股價（P）÷每股收益（EPS），其中每股收益=（稅後利潤-優先股股息）÷流通在外普通股加權平均股數

市淨率是每股股價和每股淨資產的比值，即市淨率=每股股價÷每股淨資產，其中每股淨資產（即每股股東權益）=股東權益總額（所有者權益總額）÷流通在外普通股加權平均股數。評價股價高低適 用範圍不同

市盈率把價格和收益聯繫起來，能夠直觀的反應投入和產出的關系，但是如果收益是負值，將失去評價股價水平的意義，所以用市盈率來評價企業股價水平的高低更適用於連續盈利，經營相對穩定的企業。

而淨資產極少為負數，所以市淨率模型更適用於大多數企業；淨資產賬面價值比淨利潤相對穩定，而且不像淨利潤容易人為操縱；如果會計標準合理並且各企業會計政策一致的情況下，不管是企業不同時間的橫向比較，還是類似行業之間的縱向比較，市淨率的變化均可以反應出企業價值的變化。

但是對於固定資產很少的服務型企業或高新技術企業，淨資產於企業價值的關系並不大，用市淨率衡量股價高低就失去意義。

投資者在投資股票時，市盈率和市淨率均是重要參考指標，一般同行業資產規模類似的，市盈率和市淨率越低，則風險越小。