1、本質不同

啟動子的本質都百是DNA上的鹼基對，起始密碼子的本質是mRNA上相鄰的三個鹼基。

2、作用不同

啟動子，能活化RNA聚合度酶，使之與模板DNA準確的結合並具有轉錄起始的特知異性，在啟動子上有與RNA聚合酶結合的位點作用是控制基因轉錄的起始時間和基道因表達的程度。

起始密碼子作用是翻譯開始的地方。

3、在遺傳信息表達中起專作用的時刻不同

啟動子在DNA轉錄時起作用；起始密碼子在DNA翻譯中起作用。



起始子在中學教材中叫起始密碼，它位於信使RNA（mRNA）的起始部分的三個鹼基。（決定氨基酸的排列順序）。而啟動子是位於DNA分子的基因中的前面部分。一個基因由編碼區上游，編碼區和編碼區下游所組成，啟動子位於編碼區上游，終止子位於編碼區下游。啟動子含有RNA聚合酶結合位點。

啟動子和起始密碼子並無共同點。

啟動子和起始密碼最顯著的區別在於：

啟動子是dna片段。

而起始密碼是rna上三個相鄰的鹼基。兩者的組成單位，鹼基的種類都有不同之處。

啟動子位於基因編碼區的上游的區域。

起始密碼是需要基因編碼區的部分通過轉錄後得到的rna上起始的三個相鄰的鹼基。

啟動子是RNA 聚合酶識別、結合和開始轉錄的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特異性結合和轉錄起始所需的保守序列，啟動子本身不被轉錄。

啟動子的特性最初是通過能增加或降低基因轉錄速率的突變而鑒定的。啟動子一般位於轉錄起始位點的上游。信使RNA即mRNA的開放閱讀框架區中，每3個相鄰的核苷酸為一組，代表一種氨基酸，這種存在於mRNA開放閱讀框架區的三聯體形式的核苷酸序列稱為密碼子。由腺嘌呤，鳥嘌呤，胞嘧啶，尿嘧啶四種核苷酸可組成64個密碼子，其中有61個密碼子可編碼氨基酸。AUG既編碼甲硫氨酸，又作為多肽鏈合成的起始信號，作為起始信號的密碼子稱為起始密碼子。