動物遺體都是些有機物,即含碳化合物.

微生物將其分解為CO2和水,尿素等,具體如下：

澱粉的分解和糖代謝

澱粉水澱粉在微生物分泌的胞外水解酶作用下進行水解,微生物產生的澱粉酶有α-澱粉酶、β-澱粉酶、支鏈澱粉酶和葡萄糖澱粉酶,經多種水解酶作用下生成葡萄糖. 澱粉 → 糊精 → 麥芽糖 → 葡萄糖

糖代謝： 葡萄糖 → 糖酵解產生丙酮酸.

有氧下：丙酮酸 → TCA循環 → CO2、H2O

無氧下：丙酮酸 → 乳酸、丁酸、乙醇等,如繼續無氧環境進行甲烷發酵.

但乳酸、丁酸、乙醇等如在有氧環境下則進入TCA循環,生成CO2、H2O等.

纖維素分解和代謝

纖維素 → 纖維二糖 → 葡萄糖 → 糖代謝產物

纖維素和澱粉的共同點都是葡萄糖為單體組成單位,但它們的差異是葡萄糖單體間的連接鍵方式不同.澱粉可被較多微生物水解利用,而利用纖維素的微生物則較有限.一些細菌、放線菌、真菌（如青黴、曲霉、鐮刀黴、木黴等）可生成纖維素酶,將纖維素水解成葡萄糖,後葡萄糖與澱粉一樣進入糖代謝循環,產生有氧無氧下的不同產物.

油脂的分解與轉化

脂肪由甘油與脂肪酸組成.有些細菌、黴菌等水解脂肪生成甘油與脂肪酸,並進行代謝.

甘油：有氧下 甘油 → 丙酮 → 氧化成乙酰輔酶 → TCA循環代謝產物

無氧下代謝產生簡單的酸、酮等中間物.

脂肪酸在有氧下進行β-氧化,生成乙酸,後轉化成乙酰輔酶A進入TCA循環,生出CO2、H2O產物；無氧下分解成簡單的酸、CO2、CH4等物質.

芳香族化合物（帶苯環衍生物）轉化

苯環物質：如酚類物質,首先被能利用酚類物質的微生物打開苯環,使形成鏈狀的含碳物質,後在有氧下進行含碳物質的有氧代謝和無氧下含碳物質的無氧代謝.

烴類化合物：不飽和烴類物質如稀烴、炔烴被利用烴物質的微生物打開不抱和鍵,生成烷烴.烷烴在有氧下氧化成脂肪酸,後進入脂肪酸的有氧代謝途徑和無氧代謝途徑.