菌根菌，是特定的真菌與特定的植物的根系形成的相互作用的共生聯合體。

在植物的幼苗時期，真菌侵入幼苗的表皮層中，由植物供給真菌生長發育所必需的養料，而真菌繁衍出來的菌絲又為植物輸送它從植物根系以外吸收的水分和養分，真菌發揮的是自己外延範圍大的優勢，植物則起到了調節和儲存的作用，從而促進了雙方的生長。

菌根菌的作用與益生菌相似。菌根菌和益生菌都可以附著於植物根系表面，相當於延伸了植株的根毛，一方面可以分泌有機酸，分解有機質和難以分解的腐殖質，另一方面可以豐富土壤根際的生物多樣性，保證土壤健康和根系的健康。菌根菌能夠讓農作物提高產量

真菌類相似，菌根的作用如下：

①能分解長石、磷灰石、泥炭、木質素等難分解的物質作營養；

②能選擇性地吸收離子，累積高濃度重金屬，使植物免受重金屬危害；

③能吸收磷、氮和某些微量元素並傳遞給宿主植物，尤其能吸收低濃度的可溶性磷，防止有機磷的固定，並能增強植物抗旱能力；

④菌根菌在生長過程中能分泌生長素，如赤黴素、吲哚乙酸等，可促進植物生長；

⑤菌根菌在根上形成菌套或佔滿根的所有細胞，防止其他微生物侵人；

⑥有些菌根菌能產生抗生物質，在其周圍形成無害的微生物相；

⑦菌根對酸雨的抗逆性也較強。當然，並非所有的菌根都是有益的，如降低土壤透水性、排除分解有機物的菌根就是有害的。

菌根是指土壤中某些真菌與植物根的共生體。

菌根的作用主要是擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收範圍外的元素（特別是磷）的吸收能力。菌根真菌菌絲體既向根周土壤擴展，又與寄主植物組織相通，一方面從寄主植物中吸收醣類等有機物質作為自己的營養，另一方面又從土壤中吸收養分、水分供給植物。

凡能引起植物形成菌根的真菌稱為菌根真菌，大部分屬擔子菌亞門，小部分屬子囊菌亞門。菌根真菌的寄主有木本和草本植物約2000種。

某些菌根具有合成生物活性物質的能力（如合成維生素、赤黴素、細胞分裂素、植物生長激素、酶類以及抗生素等），不僅能促進植物良好生長，而且能提高植物的抗病能力。某些菌根真菌的生活史中所形成的子實體，能為人類提供食用和藥用的菌類資源（如乳菇屬、紅菇屬）。