一般來說，生物都是有天敵的。不過對於鯨魚來說，很難找到它們的天敵。當然，人類可以算是它們的天敵，捕殺鯨魚的問題在一些國家還是比較嚴重的。具體來說，可以分類討論它們的天敵。像虎鯨這類體型大又凶猛的鯨魚，除人類外是沒有天敵的。不過，一些小型的鯨魚可能會有其它天敵，比如體型更大的鯨魚和凶猛的大鯊魚等。

1、人類的捕殺，造成物種減少甚至瀕臨滅絕。

2、破壞海洋環境，造成生物減少，缺乏食物來源。

3、有害汙水的排放直接造成死亡。

補充：

海洋中絕大部分氧氣和大氣中60%的氧氣是浮游植物製造的。鬚鯨卻能滅浮游植物的勁敵——浮游動物。另外，齒鯨也有助於保持魚類的生態平衡。齒鯨的食物就是以魚為食的大型軟體動物。因此世界上沒有鯨，人類就要滅亡。

1986年對商業性捕鯨活動實行了暫禁令，其目的是挽救即將滅絕的鯨魚，補足因大肆捕殺而減少的鯨魚群的數量。為了遏止商業性捕鯨勢頭，印度洋被宣布為鯨魚禁捕區。然而，這些養護措施似乎收效不大，由於新近出現的威脅加劇了鯨魚的悲慘處境，現有13個鯨魚物種中的7種鯨魚仍然處於瀕危狀態中。

由於漁獲量的限額往往定得過高，造成鯨魚群不能很快繁殖。在日本和挪威，捕鯨商靠賣鯨魚肉大發其財，在那裡每千克鯨魚肉可賣350美元。鯨魚捕殺數經常被虛報，甚至有人曾以“科學研究”為幌子進行商業性捕鯨活動。

北大西洋露脊鯨已被捕殺到幾近絕種的程度。露脊鯨行動緩慢——與大多數鯨魚死後即迅速下沉不同，這種鯨魚死後漂浮在洋麵上——使其成為最容易捕殺的一種鯨魚，它的名字也由此而來。儘管50年來一直對露脊鯨實施保護，在過去15年間北大西洋露脊鯨的數量卻沒有明顯增加。除了自然死亡原因，有近90%的露脊鯨死於和過往船隻的猛烈碰撞。

儘管在過去商業性捕鯨活動是造成許多鯨魚物種滅絕的唯一原因，如今鯨魚面臨的威脅卻來自其它方面：被釣絲纏住，有毒物質的汙染，船隻碰撞，鯨魚覓食區域的天然氣和石油工程，氣候變化和生境退化等。

海洋環境汙染對鯨魚有著多方面影響。漂浮在洋麵的化學物質被長鬚鯨吸收，並積聚在其體內油脂中。這些毒素隨後慢慢進入其乳汁中，最終使幼鯨得病。