對氧氣的需求不同

魚缸厭氧菌是不需要太大氧氣的，一般都可以進行無氧呼吸。常出現在死水的魚缸裡。而需氧菌的繁殖生存都是需要氧氣的，一般都是有氧呼吸

二者主要區別是：

需氧菌生存需要氧氣，厭氧菌生存和代謝不依賴氧氣；

需氧菌可以在富氧環境中繁衍生息，而厭氧菌在有氧環境中可能會死亡。

在缺氧的機體環境，厭氧菌具有生長優勢，有時會發展成為病原體。

除了是否需要氧氣，細菌對氧氣的利用方式也存在差異，根據這些差異，可對細菌進一步分成以下幾類：

專性需氧菌

兼性厭氧菌

微需氧菌

耐氧厭氧菌

專性厭氧菌

專性需氧菌生存需要氧氣，它們在無氧的環境中會死亡。炭疽桿菌就是一種典型的專性需氧菌。

與專性需氧菌正好相反，專性厭氧菌暴露在有氧的環境中會死亡，例如破傷風梭菌和肉毒梭菌。

兼性厭氧菌在有氧和無氧環境下均能存活，不過，這類細菌在有氧環境中會優先利用氧氣。大腸桿菌和葡萄球菌是常見的兼性厭氧菌。

它們的區別主要在於對氧氣的消耗。厭氧菌指的是在生存和繁殖過程當中，不需要氧氣介入。而需氧菌指的是這些細菌在生存和繁殖過程當中需要大量的氧氣介入才能夠存活。

厭氧菌是一類在無氧條件下比在有氧環境中生長好的細菌，而不能在空氣(18%氧氣)和(或)10%二氧化碳濃度下的固體培養基表面生長的細菌。