微生態製劑可以分為以下幾類：益生菌製劑、益生元製劑、益生菌和益生元複合製劑、益生菌和預生物複合製劑、外源酵母製劑、共生菌製劑、微生態菌群製劑等等。
原因：微生態製劑是一種利用人體內的微生物參與調節腸道菌群的方法，不同類型的微生態製劑含有的菌種或成分不同，因此可以按照其不同的成分或作用分類。
內容延伸：目前微生態製劑已經廣泛應用於醫藥、保健品等行業中，對於維護人體健康和預防疾病有著重要作用。
但是，微生態製劑並非適合所有人，應根據個體情況選用，並在醫生指導下使用。

微生態製劑又稱益生菌、益生素、利生菌、活菌製劑，是指在微生態理論指導下采用已知的有益微生物，經培養、復壯、發酵、包埋、乾燥等特殊工藝製成的對動物有益的生物製劑或活菌製劑，有的還含有它們的代謝產物或（和）添加有益菌的生長促進因子，具有維持宿主的微生態平衡，調整其微生態失調和提高健康水平的功能。對建立良好的水域微生態環境（包括養殖對象體外和體內的微生態環境），進行健康養殖具有重要的作用。

依據不同標準，微生態製劑可以分為：

（1）按使用目的劃分，有生長促進劑、免疫促進劑和水質改良劑等。

（2）按菌種不同劃分，有芽孢桿菌製劑、乳酸菌製劑、酵母菌製劑、光合細菌製劑、硝化細菌製劑等。（3）按菌種組成劃分，有單一製劑和複合製劑。複合型製劑能適應各種條件和多種宿主，效果最好，是目前的發展趨勢。

（4）按物質組成劃分，有益生菌、益生元和合生元等。

益生菌（probiotics）：指一類通常分離自動物體內的正常菌群而製成的生物活性製劑，它可以通過動物消化道發揮其生物的競爭性排斥作用，幫助建立有利於宿主的腸道微生物區系，從而預防疾病，促進生長，提高免疫力。

益生元（prebiotics）：指低聚醣類物質等一些不被宿主消化吸收卻能有選擇性地促進動物體內雙歧桿菌等有益菌的代謝和增殖，從而改善動物健康的有機物質。

合生元（synbiotics）：是益生菌和益生元結合的生物製劑，可以同時發揮益生菌和益生元的作用。

（5）按劑型不同劃分，有液體劑型、固體劑型、半固體劑型等。