兩三厘米的小燕魚是分辨不出公母的。魚達到性成熟、肉身(去除鰭的尺寸)至少4cm或魚齡10個月以上才可以分辨公母。特徵是：雄魚額頭較雌魚發達，飽滿而高昂，腹部則不似雌魚那麼膨脹，而且雄魚的輸精管細而尖，雌魚的產卵管則是粗而圓。

燕魚，又名神仙魚、天使魚。燕魚的種類比較繁多，一般在幼苗期鑑別雌雄比較困難。幼苗階段，通常在同一批次產下的魚苗中，雄性的魚苗要比雌性體型大一點。不過這個最起碼也得一個月左右的魚苗才能看出來，以此加鑑別。

其實最好辨別的階段是在成魚之後，從身體形態上辨別。雄魚的額頭和顎下相對雌魚來說要比較高，也可以說雄魚的體型更接近於圓盤狀。雄性的鰭拉絲長，並且魚鰭很開闊。

特徵是：雄魚的額頭較雌魚發達，顯得飽滿而高昂，腹部則不似雌魚那麼膨脹，而且雄魚的輸精管細而尖，雌魚的產卵管則是粗而圓。由於燕魚是屬於喜歡自然配對的熱帶魚類，配對成功的燕魚往往會脫離群體，成雙入對的一起遊動、一起攝食。通常從身形來看，公魚要比母魚看上去更方一些、大一些。

一般處於繁殖期的燕魚，公母最容易區分。雌性燕魚肚子大，是產卵的跡象，另外雄性的輸卵管細並且很尖，雌性的則比較粗並且很短。

母魚：母魚的額頭和下顎比較平滑，成年母魚的肚子比公魚更鼓一些，在繁殖期可以看到生殖器是比較粗圓的。

雲燕是公是母很難分辨，單隻更難，可將其放在一起比較。其中公的燕子腹部比較白，背部的藍色更有光澤感。還可從個體大小看，個體大的是公的，母的頭比較平滑，個體相對要小一些。也可從尾羽的長短看，尾羽長的是公的。交配的時候在上面的是公鳥，在下面的是母的。