一.糞便汙染。目前畜禽養殖產生了大量糞便，畜禽糞便中含有大量氮、磷和有機汙染物等。由於以往畜禽養殖場戶環境意識差，畜禽糞便隨意堆放，並隨雨水進入水系。因此，畜禽糞便成為繼工業汙染、生活汙水垃圾汙染之後的第三大汙染源，是造成農村環境汙染的主要原因。

二.水質汙染。養殖場對水體的汙染主要為有機物汙染、微生物汙染、有毒有害物汙染。養殖汙水不經過無害化處理直接排放到溝渠或者開放水域裡，由於這些汙水中氮N、磷P含量豐富，極易造成水體富營養化汙。高濃度的汙水排入河中，造成水質不斷惡化。汙水對周邊農民的生產生活帶來極大影響，有些已對集中飲用水源地構成嚴重威脅。

三.大氣汙染。畜禽糞便經過發酵後會產生大量的氨氮、硫化氫、糞臭素、甲烷等有害氣體，這些氣體不但會破壞生態，而且還會直接影響人類健康。有害氣體能進入呼吸道，引起咳嗽、氣管炎和支氣管炎等呼吸道疾病，不僅威脅著養殖場的安全，更危及養殖場員工和周邊居民的身體健康。

四.生物汙染。糞便含有大量的病原微生物和寄生蟲卵，如不及時處理就會孳生蚊蠅，使環境中病原種類增多、菌量增大，使病原菌和寄生蟲蔓延，引起人畜共患病的發生，危害人畜健康。如近年來發生的禽流感、豬流感、手足口病等人畜共患疾病，與畜禽糞便汙染造成的惡劣環境不無關系。