飛船結構分為：軌道艙、返回艙、推進艙、附加段四部分，“神舟”飛船的軌道艙是一個圓柱體，總長度為2.8米，最大直徑2.27米，一端與返回艙相通，另一端與空間對接機構連接。軌道艙被稱為“多功能廳”，因為幾名航天員除了升空和返回時要進入返回艙以外，其它時間都在軌道艙裡。軌道艙集工作、吃飯、睡覺和清潔等諸多功能於一體。

神舟”載人飛船全長8.86米，最大處直徑2.8米，總重量達到7790公斤。

從構型上來說，由軌道艙，返回艙和推進艙以及一個附加段組成。採用的是典型的“三艙一段”式結構。整個飛船按照功能還能分為13個不同的分系統。

神舟十三號任務主要有以下幾方面不同：

一是載人飛船將採用自主快速交會對接的方式，首次徑向停靠空間站；

二是屆時中國空間站將實現核心艙、2艘貨運飛船、1艘載人飛船共4個飛行器組合運行；

三是航天員將首次在軌駐留6個月，這也是空間站運營期間航天員乘組常態化駐留週期；

四是中國女航天員將首次進駐中國空間站，航天員王亞平也將會成為中國首位實施出艙活動的女航天員，而神舟十三乘組也將包括中國首次出艙的男女航天員；

五是在神舟十二號任務的基礎上，進一步開展更多的空間科學實驗與技術試驗，產出高水平科學成果；

六是實施任務的飛船、火箭均在發射場直接由應急待命的備份狀態轉為發射狀態。這些不同，也是我們將面臨的挑戰。