長江的汙染來源主要集中在以下幾個方面：

其一是工業廢水與生活汙水的汙染。工礦企業廢水和城鎮生活汙水是長江流域的主要汙染源之一。據環保總局統計，2003年，長江流域廢水排放總量已達163．9億噸，其中工業廢水排放量72．5億噸，生活汙水排放量91．4億噸；主要汙染物化學需氧量排放總量481．4萬噸，其中工業廢水排放量131．8萬噸，生活汙水排放量346．6萬噸。

其二是農業面源汙染嚴重。主要包括：化肥、農藥、畜禽養殖業、農業固體廢棄物、農村生活汙水和山林地區徑流汙染等。據環保總局估計，長江流域農業面源汙染物總量與工業、城市生活等點源排放的汙染物總量相當。

其三是航運量激增帶來大量船舶汙染。長江是橫貫中國東西的水上運輸大動脈，航運業十分發達，常年在水上運營的船舶有21萬艘，這些船舶每年向長江排放的含油廢水和生活汙水達3．6億噸，排放生活垃圾7．5萬噸。另外，因海損事故造成的油品、化學品汙染事件也時有發生，對長江水環境構成了極大威脅。

長江流域是中國古代文明的發源地，也是中國目前重要的經濟發展地區，流域兩岸的工廠以及農田是主要汙染源，生活汙水一般可以得到治理，因為長江流域地區人口比較集中，可以進行生活汙水處理，而農田面積大，工廠較分散。